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使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错

原始数据文件先进行了fastqc，发现有adaptor未去除，使用cutadapt软件进行去除后，重新fastqc，结果发现adaptor去掉了，但是sequence disribution报错，不知道为啥，还请大家帮忙看看问题出在哪里？ cutadapt命令如下： cutadapt -a CTGTCTCTTATA -q 30 -m 20 --trim-n -O 10 -o B3.fastq.gz B3-S.fastq.gz

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 17:21

是这样，因为每个reads真正测出来的adapter的长度是不同的，因此去掉adapter以后剩下的序列长度也就不同了。 FastQC这个软件，当你的reads长度范围超过一定的时候都会报错，问题不大。如果想要弄成长度一样的序列，可以考虑使用[size=14]fastx_trimmer 或者是seqkit里面的工具trim成一样长。[/size]

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发布时间: 2018-08-23 16:59

更新时间: 2018-08-23 17:21

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