双端测序一定要paired去mapping吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2394: 浏览

双端测序一定要paired去mapping吗？

为什么双端测序一定要paired一起去mapping呢？我用R1和R2分别mapping再合并的话这样有什么区别呢？谢谢

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-02 19:27

双端测序的原理是在DNA分子两端分别测序，得到的是两个序列文件，分别称为R1和R2。将这两个文件合并后，可以得到更准确、更完整的DNA序列信息。在进行测序数据分析时，通常需要将双端测序的R1和R2文件进行配对（paired）后再进行mapping。配对（paired）是指将R1和R2两个文件中对应的reads配对起来，形成一个mate pair。这样做的原因是，在双端测序中，每个DNA分子的两端分别被测序，因此可以得到两个方向的信息。当将R1和R2文件分别mapping后，会得到两个独立的结果，而配对后的结果能够更加准确地反映DNA分子的完整信息，如序列长度、插入片段大小等。如果只对R1和R2文件分别进行mapping，再将结果合并，可能会出现以下问题： 1. 丢失信息：对于双端测序得到的mate pair，如果只对其中一个文件进行mapping，可能会丢失一些信息，如插入片段大小等。 2. 结果不准确：如果只对一个文件进行mapping，可能会产生mapping错误，导致结果不准确。因此，为了得到更准确、更完整的DNA序列信息，双端测序一定要paired去mapping。

赞同 0 0评论

关于作者

: 陈文豪7709 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-02 19:23

更新时间: 2023-06-05 14:25

关注人数: 2 人关注

相关问题

T to T测序中ONT测序起到的作用: 2473 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

三代测序使用进行gmap比对: 1798 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗: 1051 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

转录组测序问题: 2236 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

群体进化，重测序，选择分析: 1592 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

三代重测序结合DNA甲基化的推荐文章: 2485 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 1910 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

新人求教关于测序以及免疫的问题: 1409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2184 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗: 1951 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？: 2010 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问第二代测序碱基出错偏向的原因是什么为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主稀有碱基会影响测序吗: 1951 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 1910 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 1817 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 2194 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 2189 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？: 2237 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中: 2301 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问二代测序中计算有多少个count数才有研究意义?: 1814 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问新人求教关于测序以及免疫的问题: 1409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025