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请教多个scRNA样本整合问题

单细胞RNA_seq

请教大佬们，我有十几个小样本的scRNA，每个只有小几千个细胞，使用harmony默认参数整合后批次效应还是很明显，想请教一下如果针对很多样本的整合，harmony有什么参数可以调整的吗？或者其他可以接Seurat的包更适合多样本的吗？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-01 10:34

关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法：

调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。
使用Seurat的整合方法：Seurat是一种流行的单细胞数据分析工具，可以进行多个样本的整合。您可以使用Seurat的整合方法，例如使用FindIntegrationAnchors()函数进行样本整合，并使用IntegrateData()函数将整合后的数据合并。
使用其他整合工具：除了Harmony和Seurat之外，还有其他一些工具可以进行多个样本的整合，例如LIGER和Scanorama等。您可以尝试使用这些工具，以寻求更好的整合效果。

综上所述，整合多个scRNA样本是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素，包括样本质量、数据预处理、整合方法等。希望您能够根据具体情况选择合适的方法，获得更好的整合效果。

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发布时间: 2023-06-01 10:33

更新时间: 2023-06-01 10:34

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