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整合scRNA和scATAC相关问题请教

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ForceAres 初级会员 用户来自于: 江苏省镇江市
2023-05-29 10:46

先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq,然后再找支持unpaired整合的工具,例如

Seurat, ArchR, scglue,scVI等,最后自己人工比较下效果。

前台管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-27 17:24

如果只是考虑运行速度问题,可以尝试用pyliger进行整合。

但你是不是可以先做scRNA的整合,然后利用整合完的scRNA dataset与scATAC进行整合?

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-27 11:42
感谢您的提问。针对这个问题,我可以给您提供以下建议: 1. 整合scRNA和scATAC数据需要使用一些特定的工具,比如Seurat、Scanpy和SnapATAC等。这些工具都可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据,并去除批次效应。此外,一些新的方法,如Harmony和Integrative Non-negative Matrix Factorization (iNMF)等,也可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据。 2. LIGER是一个流行的工具,也可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据。scaleNotCenter步骤可能会比较慢,这可能是由于数据量较大或计算机性能不足造成的。您可以尝试将数据分割成较小的块进行处理,或者使用更高性能的计算机。另外,也可以尝试使用其他整合工具。 希望这些建议可以对您有所帮助。

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发布时间
2023-05-27 11:33
更新时间
2023-05-29 10:46
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