harmony处理批次效应 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2201: 浏览

harmony处理批次效应

单细胞RNA_seq

假如现在有sampleA，sampleB两个样本，在合并之前，是否需要单独对sampleA 和sampleB做FindVariableFeatures，ScaleData，RunPCA呢？还是直接合并sampleA 和sampleB的seurat对象，合并之后统一去做？然后再进行harmony

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-23 15:51

根据Seurat官方文档的建议，最好在合并样本之前对每个样本单独进行FindVariableFeatures，ScaleData和RunPCA的操作，以确保每个样本的数据质量得到了充分的控制和调整。这样可以最大限度地减少批次效应的影响，并且可以更好地保留各个样本之间的生物学变异。然后再将各个样本的Seurat对象合并，并对合并后的数据进行Harmony操作。因此，建议在处理批次效应问题时，应该首先对每个样本进行单独的预处理，然后再进行数据合并和批次效应的处理。

赞同 0 4评论

问题动态

发布时间: 2023-05-23 15:44

更新时间: 2023-05-25 13:53

关注人数: 2 人关注

相关问题

harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 1931 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 1519 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Harmony 和Seurat的FindIntegrationAnchors算法各有何优劣: 1990 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1369 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 2462 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

样本批次问题: 1522 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 1277 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 1771 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 2107 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 2169 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 1653 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cellranger运行结果分析: 1528 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问整合scRNA和scATAC相关问题请教: 2063 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问请教多个scRNA样本整合问题: 1735 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 samtools view筛选cellranger比对结果: 1489 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 infercnv运行报错: 2285 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色: 2654 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1653 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025