harmony处理批次效应 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1413: 浏览

harmony处理批次效应

单细胞RNA_seq

假如现在有sampleA，sampleB两个样本，在合并之前，是否需要单独对sampleA 和sampleB做FindVariableFeatures，ScaleData，RunPCA呢？还是直接合并sampleA 和sampleB的seurat对象，合并之后统一去做？然后再进行harmony

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-23 15:51

根据Seurat官方文档的建议，最好在合并样本之前对每个样本单独进行FindVariableFeatures，ScaleData和RunPCA的操作，以确保每个样本的数据质量得到了充分的控制和调整。这样可以最大限度地减少批次效应的影响，并且可以更好地保留各个样本之间的生物学变异。然后再将各个样本的Seurat对象合并，并对合并后的数据进行Harmony操作。因此，建议在处理批次效应问题时，应该首先对每个样本进行单独的预处理，然后再进行数据合并和批次效应的处理。

赞同 0 4评论

问题动态

发布时间: 2023-05-23 15:44

更新时间: 2023-05-25 13:53

关注人数: 2 人关注

相关问题

chromosome名称转换的批量处理: 831 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 1309 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 866 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

奇异值分解在处理芯片数据时的意义是什么？: 715 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 1201 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 946 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

stringtie和gffcompare处理转录本的问题: 803 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 876 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

运行harmony后counts数变成小数: 824 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？: 513 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 singularity查到不到指定输入文件位置: 1251 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 1044 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题: 831 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 pseudobulk分析: 1635 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 celseq2转换单细胞原始数据: 1007 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 samtools view筛选cellranger比对结果: 787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 1132 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞多样本熵分析样例代码: 843 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024