ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

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HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

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使用fastp软件对fastq文件质控的问题

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网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？

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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

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使用bwa index 时遇到问题

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htseq使用出现故障

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为什么用prokka注释完，都是假设蛋白质

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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为什么我的R count用不了呢？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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