【求助】差异表达和特异表达

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背景：[size=12]就是我有两个相反的品系，做了同一种处理。这时候我要比较这两种品系，是用差异表达基因还是用特异表达基因来描述比较好。。。[/size] [size=12]相反品系（一个是对干旱是tolerant。一个是sensitive的），对他们都做同样的干旱处理。[/size] [size=12]我是将他们以互相对照找差异基因，来说明，这些基因就是引起这两个品系的差别。[/size] [size=12]还是求出他们的FPKM，然后用之前我看到一个公式（公式见下[/size] [size=12][attach]129[/attach][/size] [size=12]）（引自：[/size]Machine learning-based differential network analysis_ a study of stress-responsive transcriptomes in Arabidopsis[size=12]），找到这两个品系在各自之中的特殊的表达基因。来解释这两株品系的不同。[/size] [size=12]这两种方法用哪个呢？[/size]

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-04 22:35

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2018-09-05 修改我现在明白你的意思了，就是你在没有ctrl的情况下怎么进行分析。首先呢，我还是建议，如果有条件有ctrl就测一个ctrl这样的话，下游的分析就会简单很多。其次，你文献里的方法，我觉得也挺好，你也可以试试。其实就是相当于认为某个gene表达量越高，越可能是对stress有帮助的gene。最后，我觉得你还可以看哪些gene变少了，比如一些TF的减少可以帮助某些不太对这个条件适应的gene转录，所以，表达量相对另一个条件降低的gene个人觉得也是需要看的。看的方法可以类似。 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 这里面有一个基本逻辑问题：对研究对象进行处理 --> 研究对象的gene发生了改变 --> gene的改变影响了下游 --> 出现蛋白的变化 --> 表型所以我们在做RNA-Seq的分析的时候，才需要看这些差异表达的gene

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: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-04 22:33

更新时间: 2018-09-05 10:55

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