pheatmap画图的数据导入问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

2121: 浏览

pheatmap画图的数据导入问题

生信问题

请问下大家，我现在通过WGCNA得到了各个模块的基因名字，然后也通过代码获得了，每个颜色模块的基因的表达量，并且均一化。然后我要开始pheatmap画热图，但是在导入完数据，我用str（）命令查看数据类型发现是num和chr交替的，因此导致我后续pheatmap（）报错，报错内容为Error in x - m : non-numeric argument to binary operator 第一张图是我代码，第二张图是str（）之后看到数据是num和chr的，估计因此导致我后续pheatmap报错，第三张图为我的原始导入数据。恳请大佬帮我看看，哪里有问题，调整了一个晚上，还是没搞定。感激不尽

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

qliu 初级会员用户来自于: 华中农业大学
2018-08-30 17:41

你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

赞同 0 0评论

关于作者

: sysuwinux 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-30 17:10

更新时间: 2018-08-30 17:41

关注人数: 3 人关注

相关问题

axel，wget下载数据出错的问题，没头绪: 1698 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

去除数据中特异值的方法: 1745 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？: 1671 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 1635 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 2276 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 1390 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞数据的多个lib是什么意思呢？: 1128 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

celseq2转换单细胞原始数据: 1734 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 1997 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GEO数据芯片数据基因名转换: 1256 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 1726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cellranger使用问题: 2228 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 1545 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何批量下载SRA数据库中的数据？: 1903 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？: 818 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

问 sc-ATAC数据质控: 1779 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 835 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 2131 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop: 2341 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025