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juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？

生信问题

juicer进行下游分析时，arrowhead和hiccups默认genomeID=hg19,现在分析的物种是酵母sacCer3，如何来更改？

使用：hiccups [-m matrixSize] [-c chromosome(s)] [-r resolution(s)]
<HiC file> <outputDirectory>

hiccups代码：https://github.com/aidenlab/juicer/blob/main/CPU/common/juicer_hiccups.sh

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2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-08-05 11:38

要更改juicer_tools.jar hiccups的物种，您需要修改juicer_hiccups.sh脚本中的参数。具体来说，您需要更改以下几个参数： 1. genomeID：默认情况下，juicer_tools.jar hiccups使用hg19作为基因组标识。要更改为酵母sacCer3，您需要将genomeID参数更改为sacCer3。 2. HiC文件：您需要将HiC文件参数更改为酵母sacCer3的HiC文件路径。 3. 输出目录：您需要将输出目录参数更改为您想要保存结果的目录路径。下面是修改后的juicer_hiccups.sh脚本示例： ```bash #!/bin/bash # 修改genomeID为sacCer3 genomeID="sacCer3" # 修改HiC文件路径为酵母sacCer3的HiC文件路径 hicFile="/path/to/sacCer3_hic_file.hic" # 修改输出目录路径为您想要保存结果的目录路径 outputDir="/path/to/output_directory" # 运行juicer_tools.jar hiccups java -jar juicer_tools.jar hiccups -m matrixSize -c chromosome(s) -r resolution(s) ${hicFile} ${outputDir} ``` 请注意，您还需要安装juicer_tools.jar和酵母sacCer3的HiC文件才能成功运行此脚本。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-08-15 17:10

这个直接去查hiccup的github主页，上面有介绍。

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问题动态

发布时间: 2023-08-05 11:35

更新时间: 2023-08-15 17:10

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