回答：
在转录组差异分析中，筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本是一个常见的步骤。较低的比对率可能是由于样本质量不佳、测序错误或其他技术问题导致的。筛除这些样本可以提高分析的准确性和可靠性。
具体来说，可以通过以下步骤筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本：
1.首先，可以使用比对工具（如Bowtie、BWA等）将原始测序数据比对到参考基因组或转录组上，生成bam文件。
2.然后，使用比对率评估工具（如Samtools、Picard等）计算每个样本的比对率。比对率是指比对到参考基因组或转录组的reads数量占总reads数量的比例。
3.根据实验要求和研究目的，设定比对率的阈值。一般而言，比对率低于30%或40%的样本可以被视为低质量样本。
4.根据设定的阈值，筛选出比对率低于阈值的bam文件或样本。
5.对于被筛除的低质量样本，可以考虑重新进行质控、测序或数据处理等步骤，以提高比对率。
请注意，筛选比对率低的bam文件或外显子比对率低的样本要谨慎操作，并结合实际情况灵活处理。在进行筛选之前，建议先对比对率的阈值进行一定的统计分析，以确定合适的阈值。此外，还应考虑其他因素，如实验设计、样本来源、研究目的等，综合考虑是否需要筛选低质量样本。
希望以上回答能对您有所帮助，如有任何疑问，请随时追问。
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