根据我的经验和了解，我建议在使用Seurat进行多样本整合时，应该先去除细胞周期的影响，然后再使用Harmony进行整合。 细胞周期是一个重要的技术扰动因素，会对单细胞RNA测序数据产生很大的影响。如果不先去除细胞周期的影响，可能会导致样本之间的差异主要来源于细胞周期而不是真实的生物学差异。 Seurat是一个功能强大的单细胞数据分析工具，其中包括了去除细胞周期的功能。通过Seurat的`CellCycleScoring`函数，您可以计算每个细胞的细胞周期得分，并将其作为细胞的一个属性。 一旦您计算出细胞周期得分，您可以使用Seurat的`CellCycleRegression`函数来去除细胞周期的影响。这将校正细胞周期对基因表达的影响，使得样本之间的差异更多地反映真实的生物学差异。 一旦细胞周期的影响被去除，您可以使用Harmony算法进行多样本整合。Harmony是一种用于整合单细胞RNA测序数据的算法，可以有效地消除批次效应，并将样本整合到一个共享的低维空间中。 综上所述，建议的流程是先使用Seurat去除细胞周期的影响，然后再使用Harmony进行多样本整合。这样可以减少细胞周期对整合结果的影响，更准确地捕捉样本之间的生物学差异。