该问题已被锁定!
2
关注
2735
浏览

harmony处理批次效应

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
前台管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-25 13:53

个人建议是,在做样本合并之前,先对每个样本单独进行FindVariableFeatures,得到每个样本的高变异基因(hvf),而后取样本hvf的并集,作为后续合并完成的SeuratObject的hvf,这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后,再对合并完成的SeuratObject进行ScaleData和RunPCA的操作,然后再RunHarmony进行批次效应矫正。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-23 15:51
根据Seurat官方文档的建议,最好在合并样本之前对每个样本单独进行FindVariableFeatures,ScaleData和RunPCA的操作,以确保每个样本的数据质量得到了充分的控制和调整。这样可以最大限度地减少批次效应的影响,并且可以更好地保留各个样本之间的生物学变异。然后再将各个样本的Seurat对象合并,并对合并后的数据进行Harmony操作。因此,建议在处理批次效应问题时,应该首先对每个样本进行单独的预处理,然后再进行数据合并和批次效应的处理。

问题动态

发布时间
2023-05-23 15:44
更新时间
2023-05-25 13:53
关注人数
2 人关注

相关问题

芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作?
harmony整合样本前需要分别预处理吗?
chromosome名称转换 的批量处理
运行harmony后counts数变成小数
seqtk的使用技巧,可以处理那些序列问题?
缺失值处理
样本批次问题
如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题
测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组,miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢?
进行转录组数据分析时,进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中,一个基因出现了两个不同的表达量数据,应该如何处理?

推荐内容

cellranger运行结果分析
去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析?
单细胞多样本熵分析样例代码
infercnv运行报错
harmony整合样本前需要分别预处理吗?
空转bin_size
整合scRNA和scATAC相关问题请教
samtools view筛选cellranger比对结果
使用seurat包,导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025