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首先，TSS enrichment score是用来衡量某个基因的转录起始位点（TSS）在ATAC-seq数据中的富集程度的。计算TSS enrichment score时，通常会将基因的TSS定义为起点，然后计算在一定距离范围内（例如2kb）ATAC-seq信号的富集程度。
对于问题中提到的情况，纵坐标不是从1开始的，这可能是由于computeMatrix计算过程中使用的是默认参数，将所有信号值都转换为正数。因此，得到的图中信号值的最小值可能不是1。
为了确保TSS enrichment score的计算正确，可以通过以下步骤进行：
通过以上步骤，可以确保得到的TSS enrichment score是正确的，同时也可以保证纵坐标从1开始。
