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bivalent domains 如何计算

Chip_Seq

还有下面这种不同状态的分析，感觉像ChromHMM 分析的又好像不是。

图片是来自同济大学高绍荣团队发的文章,https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590922002508?via%3Dihub

试着发邮件要了下画图数据分析过程和代码也没有回复

文章说计算来自一篇cell 文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406003801?via%3Dihub

挺想做上面这些分析的，哪位大佬能搞个详细教程呀。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-02 17:36

这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。

比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker；

H3K27me3就是repressive的 histone marker；

然后如果这两个同时存在，就可以定义为bivalent domain。

看你上面的截图，就应该是先把基因组分区域，分区域的方法通常是分bin，然后你就可以计算这一个bin区间里的H3K4me3和H3K27me3的信号强度，两个都存在的时候就可以定义。

我看你上面还提到了chromHMM，用这个也可以，就是用chromHMM分出来H3K4me3和H3K27me3同时存在的那个类型就定义为bivalent domain即可。这个和直接分bin自己算coverage类似，没太大差别。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-01 16:27

Bivalent domains是指同时存在H3K4me3和H3K27me3修饰的染色质区域，它们在基因调控中发挥重要的作用。下面简单介绍一些常用的计算方法。一、ChromHMM ChromHMM是一种常用的计算bivalent domains的工具。其基本思路是将染色质区域划分为不同的状态（如active promoter, enhancer, bivalent promoter等），再根据H3K4me3和H3K27me3的分布情况确定bivalent domains的位置。具体的计算流程可以参考ChromHMM官方文档。二、MACS2 MACS2是一种常用的ChIP-seq分析工具，它可以用来计算H3K4me3和H3K27me3的峰值。根据峰值的分布情况，可以确定bivalent domains的位置。具体的计算流程可以参考MACS2官方文档。三、HOMER HOMER是一种常用的染色质分析工具集，其中包含了多种计算bivalent domains的工具。比如，可以使用annotatePeaks.pl命令将H3K4me3和H3K27me3的信号合并起来，然后根据信号的分布情况确定bivalent domains的位置。具体的计算流程可以参考HOMER官方文档。以上是一些常用的计算bivalent domains的方法，具体的选择可以根据实验设计和数据分析的需求来确定。

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发布时间: 2023-06-01 16:17

更新时间: 2023-06-02 17:36

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