进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

2197 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

3213 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小

3727 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

3685 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

3366 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID

2539 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

3634 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

2221 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？

2132 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

4419 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

2747 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

3306 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

2269 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

2447 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

1967 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

1351 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

2110 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

2039 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

3055 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

2239 浏览 2 关注 1 回答 0 评论