ChIPseeker 报错

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CHIpseeker

F <- readPeakFile("/Users/jail/Desktop/Galaxy181.bed") print(F1) F_peak <- readPeakFile(F[[4]]) F_peakAnno <-annotatePeak(F1,tssRegion = c(-2500,2499), TxDb = "TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28", annoDb = "org.At.tair.db") covplot(F, weightCol="V5") txdb <- TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28 promoter <- getPromoters(TxDb=txdb, upstream=3000, downstream=3000) tagMatrix <- getTagMatrix(F1, windows=promoter) 报错： Error in split.default(1:length(windows), as.factor(seqnames(windows))) : group length is 0 but data length > 0 In addition: Warning message: In .Seqinfo.mergexy(x, y) : The 2 combined objects have no sequence levels in common. (Use suppressWarnings() to suppress this warning.) 请问如何修正？问题出在哪里？

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海王坑前台管理员用户来自于: 北京市朝阳区
2018-09-20 14:02

covplot(F, weightCol="V5") 这一步能出图吗？不能的话，前面文件载入和包的问题 R语言里面方括号表示数组下标，看不懂你这F_peak <- readPeakFile(F[[4]])中4这个数字是什么？第一步赋值给F，为什么 print(F1)？？建议解决办法，重新下载并载入拟南芥Txdb，各种包也重新安装载入。下面贴一个我可以运行的R： ###################chip-FHY1 ##########haiwangkeng ###Email 82101181029@caas.cn ##intallation source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ChIPseeker") library(ChIPseeker) #安装genomicsFeatures source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("GenomicFeatures") #install Txdb.AT source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28") library(TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28) txdb <- TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28 #install ClusterProfiler source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##读入peak 文件 peak_1 <- readPeakFile("F:\\研究僧\\实验研究\\CHIP\\chip-plant\\FHY1\\GSM1400501_FHY1_FR1.bed") peak_1 #CHip peaks coverage plot covplot(peak_1,weightCol="V7")

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: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-19 15:09

更新时间: 2018-09-20 14:02

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