刘正 发起了提问 2018-10-04 10:21

重测序

问答 求重测序不同群体示例数据

求重测序不同群体示例数据，什么物种，什么性状都可以，就是想学习下整个流程:

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-10-03 16:37

生信具体问题

问答 蛋白保守序列分析

Kevin_Lyu: TBtools应该可以满足你的需求，作者也有写一个基因家族分析的教程：https://mp.weixin.qq.com/s/-ZEQ7_2i4ozUjpVDmMfkAg

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Czc 回复了问题 2018-10-03 14:02

数据库

问答 SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答

Czc: 233333，，好像自己在生信技能树上找到了答案 [url]http://www.biotrainee.com/thread-800-1-2.html[/url] [size=14]跟GEO类似.[/size] [size=14]NCBI的SRA（Sequence ReadArchive）数据库是抓...

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Czc 回复了问题 2018-10-03 09:28

差异基因 RNA_seq

问答 RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

Czc: 我同意楼上的说法，主要是看你想要什么样的结果，如果你是想要看treatment和non-treatment之间的不同就分三组做，你要是想看WT、OE-1、OE-2的就可以单独的拿这三组数据做，你要是想要看整体的，就很难计算了，我曾经做过四组之间的不同的差异表达分析，我当初的想法是这样的，就是A与B比...

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stallworth 回复了问题 2018-10-02 15:32

生物信息学 生信入门 如何入坑

问答 生信到底如何入门？？？

stallworth: 进了实验室逼自己一把就入门了

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Holly 发起了提问 2018-10-01 18:22

NETWORK4.6

问答 NETWORK4.6

有结果文件，怎么通过这个软件改各个基因的名字:

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海王坑 回复了问题 2018-10-01 12:36

R语言

问答 如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表

海王坑: R语言： 用gsub()函数

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辅导辅导员的辅导员 回复了问题 2018-10-01 08:21

截取基因片段

问答 关于 截取某基因前后200bp片段

辅导辅导员的辅导员: 坑主回答真是详细

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Emile 回复了问题 2018-10-01 06:51

python文件处理

问答 python怎么追加输出一列

Emile: 原生代码可以用双重循环构造二维列表，numpy包有转置函数T以及多种行列合并函数，pandas包可以像R一样添加列（ex. df[column_name] = result_list），最后再统一输出到文件。 行和列只是只是定义问题，对于这种结构化的数据，都可以把原来的列变量视为行变量，然后利用转...

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YIMUAXU 发起了提问 2018-09-30 20:39

多样性分析

问答 R软件里Bray-Curtis指数计算

求一个在R里计算的代码:

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minipeach 发起了提问 2018-09-30 13:32

生信入门 生信问题 生信分析

问答 关于生存分析的问题

[attach]289[/attach] 我想知道这样的表格是怎么制作的，展示的这张是一篇文献中的表，他是自己提取TCGA的clinical中的信息做的还是有其他的什么软件或者包之类的？:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45

生物信息学 生信问题

问答 关于GO分析的问题

孟浩巍: 可以，但是有可能注释不全。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45

mapping RNASeq数据处理 Live问题

问答 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题

孟浩巍: 感觉是index的问题，是不是index没有建立完整，参考下面的视频，重新建立一下index试试。   第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像 https://www.bilibili.com/video/av12969326/ 参考基因组的下载与bowtie2 ind...

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ccssooll999 发起了提问 2018-09-29 13:41

软件使用

问答 cafe 结果可视化如何操作？

cafe 结果可视化一般用什么 有大佬能推荐一下么":

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-29 10:12

染色体

问答 想画一个染色体类似于条形码的图，大家有什么建议

孟浩巍: 我当时是这么解决的，就是把每一个重复区域的起始和终止位点都记录一下，然后画矩形。 效果图类似： [attach]276[/attach] 代码类似： [code]hg19_g_band = read.table("~/menghw_HD/reference/hg19_G-band.txt",he...

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