孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:20

小白

问答 请问一下大家生物信息学的生物学具体应用

孟浩巍: 我建议收听一下我的知乎Live 《如何快速入门生物信息学》，里面专门讲了这个部分。   [url]https://www.zhihu.com/lives/851804180241846272[/url]

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:19

RNA_seq

问答 RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值

孟浩巍: 这个是有可能的，因为1个gene对应多个转录本，你看到的是每个转录本的FPKM，你看基因的FPKM应该是合并了这些结果之后的表格。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:18

R

问答 关于ggplot2画条图的问题

孟浩巍: 提供一个思路，你在循环绘图的时候，获取一下bar的数目，也就是你的显著GO的结果的数目。 然后保存图片的时候，用ggsave函数，在里面设置输出的图像的长宽即可。比如bar的数目为10时，你可以设置height为10，bar数目为5的时候设置为5等等。  

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辅导辅导员的辅导员 发起了提问 2018-09-23 10:45

无参转录组

问答 无参基因组分析GO富集到了这一步不会做

我筛选完差异基因列表，然后也得到转录本对应的GO号如下但是下一步应该是整理这些GO号，大家都用clusterprofile但是我看了mannual发现用的ID要求的embl，所以。。下一步怎么整理求帮助 [attach]257[/attach]    :

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YDX 发起了提问 2018-09-22 22:51

生产分析

问答 根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff

如何计算生存分析高表达和低表达的最佳的分割点，我算了每个点对应的log-rank pvalue，找到了最小的，但这样往往发现两组的样本量严重不对称，一组有100多个，另一组不到10个。 我想请问选择最佳分割点应该有哪些限制:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-22 20:17

linux 静态ip设置

问答 请问一下，如何将登陆服务器局域网的ip设置为静态的呢？

孟浩巍: 这个需要去设置你的ip地址：   1. 首先切换到目录 [code]cd /etc/sysconfig/network-scripts[/code]2. 查看里面的内容，这里面存着每个网卡对应的配置文件，比如你有两个网卡，你就有会两个文件名类似ifcfg-em1, ifcfg-em2的文件，找到你对...

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Emile 回复了问题 2018-09-21 21:32

癌症相关信号通路

问答 通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？

Emile: 1. 看你是用什么数据集进行的富集分析，在数据原网站一般会有对通路的注释，例如前面答主提到的GSEA@ChoneWu； 2. 到KEGG和GO网站去检索，看对应通路的注释; 3. TCGA在今年上半年有分析致癌通路的文章，里面总结了10个致癌通路，可以看一下有没有你富集到的[url]https://...

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as160009071039 回复了问题 2018-09-21 17:13

R语言 画图

问答 请问如何使用R语言绘制散点图

as160009071039: 可是怎么画得跟他一样好看呢  

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ChongWu 回复了问题 2018-09-21 15:17

芯片数据分析

问答 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

ChongWu: Bioconductor中的[url=http://www.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/ExpressionNormalizationWorkflow/inst/doc/genExpNrm.html]Gene Expre...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 14:30

GO分析

问答 为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图

孟浩巍: 有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。   我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clust...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 11:31

blast

问答 blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本

孟浩巍: 问题描述很清楚呀！我给你提供一个思路吧：   1. 建立dict, key是你的蛋白名，value 是一个list，长度为4 对应你的4个物种，里面需要存储你的分数值和蛋白名；   2. 开始循环，获得蛋白名，然后获得这个蛋白名对应的list，根据物种来比较分数，如果分数值大于list中存的分数就替...

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fcdslz 发起了提问 2018-09-20 22:09

Agilent 芯片数据分析

问答 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 21:55

单细胞RNA_seq

问答 ​单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

孟浩巍: 你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路：   1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；    

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 14:08

芯片数据分析

问答 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

孟浩巍: 一般来说是不可以的。

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海王坑 回复了问题 2018-09-20 14:02

CHIpseeker

问答 ChIPseeker 报错

海王坑: covplot(F, weightCol="V5") 这一步能出图吗？不能的话，前面文件载入和包的问题 R语言里面方括号表示数组下标，看不懂你这F_peak

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