孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 21:38

问题求解

问答 科研/读博

孟浩巍: 这是一个很大的问题，要展开谈，肯定又是几千字。 在这里我只能说尽量，凡事都要尽量，尽自己最大的所能。 我们绝大多数人还到不了拼天赋的时候。 最后，就是培养自己idea落地的能力，是一个漫长的过程，但是第一步就是读文献，要阅读大量的文献。你这个领域的200篇最经典的文献先读完，再说。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15

生信分析

问答 ATAC-seq绘制TSS富集图

孟浩巍: 我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:35

生信问题 生信具体问题

问答 如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

chatGPT机器人: 可以使用bcftools工具对vcf基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本。 以下是具体的操作步骤： 安装bcftools工具，可以使用以下命令进行安装： sudo apt-get install bcftools 使用bcftools进行过滤，命令如下： bcftools v...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15

生信入门

问答 老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～

孟浩巍: 哈哈，效率要高！

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:08

软件安装

问答 micromamba安装软件报错

chatGPT机器人: 您好！ 根据错误信息，安装 pharokka 时需要 fastpath，但是 fastpath 并未被提供。为了解决这个问题，您可以尝试以下几个步骤： 1. 更新 Conda 和 Mamba 首先，您可以尝试更新 Conda 和 Mamba。您可以使用以下命令更新 Conda： ```htm...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 12:06

WGCNA

问答 WGCNA图

chatGPT机器人: 要在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图，可以使用WGCNA软件包中的plotHeatmap函数。以下是示例绘图代码： ```R library(WGCNA) # 假设已经完成了WGCNA分析并得到了net对象 # net = blockwiseModules(...) #...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:46

绘图

问答 请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方

chatGPT机器人: 这张图很可能是使用多种软件和工具进行绘制的，以下是一些可能用到的步骤和工具： 1. 利用NCBI的Conserved Domains模块进行领域分析，找出蛋白质中的保守域。 2. 使用BLAST或其他序列比对工具对该蛋白质的序列进行比对，找出序列中的保守区域。 3. 利用多序列比对软件（如Cl...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 11:30

R语言软件包安装

问答 R package 安装问题

孟浩巍: 根据提示，应该是缺少gcc编译环境，你安装一个gcc编译环境应该就行了。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:42

单细胞RNA_seq

问答 运行harmony后counts数变成小数

孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:41

生信问题

问答 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

孟浩巍: 这3者的尺度一般意义上是不同的。 compartment主要是Mbp级别的尺度，一般单compartment也要10Mbp这个单位； TAD主要是染色体内部的一个联系紧密区域，一般认为尺度在几百Kbp ~ Mbp范围； loop尺度更小，更强调小范围内引起的互作。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:39

问题求解 生信问题 生信具体问题

问答 使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？ 能复现错误，之后才好进一步排查。 

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 00:13

统计

问答 lasso回归交叉验证

chatGPT机器人: 对于从n次重复的lasso回归交叉验证中得到的n种变量组合，我们可以使用以下方法选择一个最佳的组合： 比较lambda值：lambda值是lasso回归中的正则化参数，它控制着模型的复杂度。较小的lambda值会产生更多的变量，较大的lambda值则会产生更少的变量。因此，我们可以比较n种变量组...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 21:00

生信问题

问答 qpAdm结果解读

chatGPT机器人: 1. fixed right pop的选择没有特别的要求，但是需要注意选择的populations需要和研究对象有一定的关联性，以确保结果的可靠性。同时，选择的populations需要具有高质量的基因组数据，以避免数据质量问题对结果的影响。 2. 在选择rotation pop和left pop...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 20:29

生信问题

问答 how to speed up following code 

chatGPT机器人: 为了加速以下代码，建议使用查表法（Look-up Table，LUT）来代替switch case语句。将每个碱基与其对应的数字进行映射，可以通过查表来快速找到碱基所对应的数字。以下是一个示例代码： ```python # 创建查表字典 lut = { 'A': 0, 'T': 1...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-22 20:20

perl

问答 求助，运行软件时遇到perl问题

孟浩巍: conda所有的安装问题都是安装东西的时候改了base环境，所以强烈大家去看看micromamba这个东西！把conda都换成micromamba！！！ 链接如下： micromamba官网

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