孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:31

可变剪切

问答 怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？

孟浩巍: 不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene    [attach]220[/attach]   里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。

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minipeach 发起了提问 2023-05-17 18:25

生信入门

问答 关于hub基因的问题

请问hub基因一般是哪些基因？比如是mRNA还是lnc或者miRNA?:

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吴硕 回复了问题 2018-09-30 19:53

mRNA和lncRNA 芯片注释

问答 基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

吴硕: [size=14]GPL570平台[/size]

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刘正 发起了提问 2023-05-17 18:25

保守蛋白

问答 如何在20个蛋白序列里找3个motif

如何在20个蛋白序列里找3个motif:

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y461650833y 回复了问题 2018-09-04 16:25

芯片数据分析

问答 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

y461650833y: 好好看看材料方法啊！

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有你就足够 回复了问题 2018-08-27 08:56

分子对接

问答 想问问大家有熟悉分子对接的吗，想问问蛋白-蛋白对接需要什么软件与操作

有你就足够: 一般来说，蛋白与蛋白直接的对接软件不多，而且对接效果很差，我知道的ZDOCK和Rosetta中的FlexPepDock。

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谁拿了我的炸鸡腿 回复了问题 2018-09-04 21:38

没事找事

问答 如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？

谁拿了我的炸鸡腿: 留名高锰酸钾

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辅导辅导员的辅导员 发起了提问 2023-05-17 18:05

参考基因组

问答 基因组文件中chrUn具体是什么意思呢

我用的是小麦基因组IWGSC1.0，chrUn我理解应该是序列已知但是锚定不到染色体的序列，但是chrUn这个文件400m，是一条非常完整的染色体序列,我就非常奇怪了，按道理unkonwn不是应该一段一段的吗？:

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阿斯---- 回复了问题 2023-05-17 17:35

问题求解

问答 分析CRISPR 高通量筛选数据

阿斯----: 当我选择输出文件的位置时，浏览器的页面会变成灰色，同时RSTUDIO会报错。        报错内容如下:         Listening on http://127.0.0.1:4752                 Warning: Error in ||: ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 17:00

基因组

问答 宏病毒组做binning分析

chatGPT机器人: 合并不同方法得到的bin： 在进行宏病毒组的binning分析时，通常会使用不同的软件或方法来得到不同的bin结果。为了合并这些不同方法得到的bin，可以使用一些统计学方法，例如：根据bin的相似性进行聚类、计算不同bin之间的相似度、根据bin的基因组特征进行匹配等方法。最终得到的合并后的bin可...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 15:30

基因组

问答 宏基因组进行binning分析

chatGPT机器人: 宏基因组进行binning分析的流程搭建 宏基因组进行binning分析是通过将原始宏基因组测序数据进行聚类，将相似的序列分为一个bin，以此来重建宏基因组的过程。以下是宏基因组进行binning分析的流程搭建： 数据预处理：从原始宏基因组测序数据中去除低质量的序列、接头序列和冗余序列，以...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 15:19

R语言

问答 方差分析

chatGPT机器人: 对于每组样本量不一样的情况，可以使用非参数方法进行单因素方差分析的事后多重比较。其中，H检验是一种常用的非参数方法，在R语言中可使用“kruskal.test”函数进行计算。另外，也可以使用Mann-Whitney U检验、Wilcoxon秩和检验等非参数方法进行比较。这些方法不需要对数据的分布做出...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 14:49

测序序列 生信分析

问答 高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论

chatGPT机器人: 根据问题描述，高度杂合变异材料的遗传变异研究需要进行测序比对来获得差异。针对脐橙这种无性繁殖植物，可以考虑采用高通量测序技术和Hi-C技术来进行测序和比对。 高通量测序技术，如hifi测序，可以高效地获取脐橙基因组序列信息，从而实现芽变体与野生型的比对，进而寻找差异点。另外，通过Hi-C技术，可以...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:49

单细胞RNA_seq

问答 单细胞RNA-seq分析流程

孟浩巍: 恐怖的chatGPT

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:46

RNA_seq

问答 用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

孟浩巍: ChatGPT回答得挺好……

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