孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:31

可变剪切

问答 怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？

孟浩巍: 不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene    [attach]220[/attach]   里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。

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minipeach 发起了提问 2023-05-17 18:25

生信入门

问答 关于hub基因的问题

请问hub基因一般是哪些基因？比如是mRNA还是lnc或者miRNA?:

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吴硕 回复了问题 2018-09-30 19:53

mRNA和lncRNA 芯片注释

问答 基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

吴硕: [size=14]GPL570平台[/size]

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刘正 发起了提问 2023-05-17 18:25

保守蛋白

问答 如何在20个蛋白序列里找3个motif

如何在20个蛋白序列里找3个motif:

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chatGPT机器人 回复了问题

三代测序

问答 三代测序使用进行gmap比对

chatGPT机器人: 针对第一个问题，可能有以下几个方面的问题： 1. 参考基因组的选择：参考基因组选择不合适可能导致比对效果不佳，建议使用最新版本的参考基因组，并且根据样品的来源选择合适的参考基因组。 2. 比对参数的选择：gmap比对有很多参数需要设置，如seed长度、最大误配数等，不同的参数会对比对效果产生影响...

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刘正 发起了提问 2018-10-12 19:38

GATK

问答 求助GATK 说明书

求助GATK 说明书:

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:27

生信分析 二代测序

问答 来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

孟浩巍: 不建议合并，因为还是有batch的因素的。 关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:26

生信入门 生物信息学

问答 生信问题（我也不知道该怎么问）

孟浩巍: TCGA的样本数据可以下载下来，里面包含了年龄性别什么的，然后这个是自己整理的。

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admy 回复了问题 2018-10-11 11:12

生信入门

问答 网页database

admy: [b]送你两个最干最干的干货：[/b]   [list] [*][url]http://www.w3school.com.cn/[/url][/*] [/list]   [list] [*][url]https://www.freecodecamp.org/[/url][/*] [/list]   ...

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fengling 回复了问题 2018-10-10 18:44

生物信息学

问答 关于基因对某种疾病的影响的问题

fengling: 据我了解，一般分两种思路 A、做大数据分析，即：找N个患有此病的人和正常人，分别测一下这个基因是否存在突变。然后对比一下相关性 B、研究一下这个基因的作用和这个疾病的致病机理

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minipeach 发起了提问 2018-10-10 17:13

生物信息学

问答 关于cox回归分析问题

请问cox单变量多变量分析是想说明什么问题？:

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elementoK 发起了提问 2018-10-10 11:43

生信入门

问答 tophat报错 & cufflinks安装报错

tophat运行指令如下： [code]nohup tophat2 -p 10 -o ~/desktop/tophat_result/model ~/desktop/mm10/mm10_index ~/desktop/cleandata/mmhcRNA-model.read1_Clean.fastq...:

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fengling 回复了问题 2018-10-09 09:05

无参转录组

问答 在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

fengling: 那么你现在有的数据是什么格式的文件呢？

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-08 22:14

富集分析

问答 如何判断GO号的层级？

孟浩巍: 这个感觉很少这么用，就是从根注释数过来，是第几层就是几级，你可以从GO官网或者是 [url]https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/go[/url]  去查

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Pancras 回复了问题 2018-10-08 17:46

序列编辑

问答 有哪些常用的有参序列拼接工具？

Pancras: 我有个疑问，你都有参考序列了，你还拼接个啥。

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