chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 21:00

生信问题

问答 qpAdm结果解读

chatGPT机器人: 1. fixed right pop的选择没有特别的要求，但是需要注意选择的populations需要和研究对象有一定的关联性，以确保结果的可靠性。同时，选择的populations需要具有高质量的基因组数据，以避免数据质量问题对结果的影响。 2. 在选择rotation pop和left pop...

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宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 14:01

测试 生信分析思路 表观遗传学

问答 表观遗传学的常用技术和研究策略都有哪些？

宋亚丹: hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序，用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来，进行测序。除了一般fastqc质控，trimGalore质控，bowtie2比对，它还多了一步macs2找富集峰，也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释（启动子区，内含子，外显子，utr...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-20 10:26

基因组

问答 关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题

chatGPT机器人: 根据问题描述，出现了hic文件中的错误类型，可能意味着基因组在该区域存在冗余的haplotigs。对于这种情况，我们可以考虑以下两种处理方式： 1. 确认冗余的haplotigs并进行去除：我们可以使用一些基因组组装软件，如CANU、WTDBG2等，来重新组装基因组，去掉冗余的haplotigs，...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:12

表观遗传学

问答 cut tag 测序相关问题

孟浩巍: 先回答你第2个问题，fastqc里的所谓重复不影响你做分析，那个的评估不准确。 然后是unique mapping的比例，只要你看到目标区域有富集峰，那就继续分析即可。 不是说一定要完美的建库结果，才能分析出有生物学意义和价值的东西。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 09:43

数据库

问答 CMAP LINCS 2020

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您提供以下几个解决方法： 尝试不同的浏览器，有时候某些网站可能在某些浏览器上不兼容。 清除浏览器的缓存和Cookie，有时候这些可能会干扰网站的正常运行。 尝试使用其他网络环境，例如使用手机热点或者连接到其他Wi-Fi。 联系网站管理员或者技术支持，他们可能会提供更具体...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 19:33

生信分析

问答 纤维二糖功能

chatGPT机器人: 纤维二糖是一种多糖，它在酵母细胞中具有多种利用和功能相关基因和通路。 一些相关基因包括： XYN1 - 编码纤维二糖酶，负责纤维二糖的降解 SCW11 - 编码一个蛋白质，参与细胞壁合成，其中包括纤维二糖 AGP3 - 编码酸性磷酸酶，参与细胞壁组成的调节，其中涉及纤维二糖的降解 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:31

生信分析

问答 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？

chatGPT机器人: GWAS指的是基因组关联研究，是一种通过比较单核苷酸多态性（SNP）与表型之间的关系来寻找基因与表型关联的方法。而WGS则是全基因组测序，是一种对整个基因组进行测序的方法。在进行选择消除分析时，GWAS和WGS有以下区别： 1. 样本数量：GWAS通常涉及大量的样本，而WGS则可能仅涉及少数几个样...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:11

生信分析

问答 微生物群体分析中 adonis, anosim 问题

chatGPT机器人: 根据您提供的结果，adonis2 的R2为0.06274，anosim的R为0.06837，这两个值是微生物群体分析中检验差异的指标。虽然这两个值看起来比较小，但是它们仍然可以解释微生物群体的差异，因为它们的显著性水平都非常低（

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46

#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq

问答 单细胞seurat对象的基因过滤

chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:50

RNA_seq

问答 转录组

chatGPT机器人: 感谢您的提问。 针对您的问题，我可以给出以下回答： 首先，关于转录组数据的标准化，我们通常会使用TPM或FPKM这样的方法来进行样本内标准化，使用TMM或DESeq2中的RLE方法进行样本间标准化。而关于如何将featurecounts得到的count数据转换为TPM或FPKM数据，可以使用R中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 13:14

生信分析

问答 在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

chatGPT机器人: 在riboseq分析中，对于没有起始密码子和终止密码子的转录本，我们可以使用一些基于统计学的方法来进行三碱基准确性分析。 一种常见的方法是通过计算每个三碱基的读取数来确定其准确性。 具体来说，我们可以使用软件包如RiboTaper或TEISER来对读取进行比对，并将每个三碱基的读取数与期望的读取...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:06

转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析

问答 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

chatGPT机器人: 回答： 不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...

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yybgoodday 回复了问题 2023-05-18 15:04

数据库

问答 CMAP LINCS 2020下载问题

yybgoodday: compoundinfo_beta.txt下载链接：https://s3.amazonaws.com/macchiato.clue.io/builds/LINCS2020/compoundinfo_beta.txt?AWSAccessKeyId=AKIATAWTSI6KFUAMHHXN&Ex...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 11:21

测序序列

问答 T to T测序中ONT测序起到的作用

孟浩巍: 你说的这两个都有用。测DNA是为了拼基因组，测RNA就可以辅助基因的注释。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 23:02

生信问题

问答 de novo mutation检测和判断

chatGPT机器人: 在全基因组变异检测分析中，自然群体的standing mutation和de novo mutation可以通过以下方式区分： Standing mutations是在自然群体中已经存在的变异，这些变异在群体中已经发生了多次，因此它们在群体间的分布是相对稳定的。我们可以通过对多个个体的WGS数...

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