微生物群体分析中 adonis, anosim 问题

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生信分析

我有个微生物相对丰度数据，想对分组 group 进行检验分析，采用 adonis 和 anosim 进行。结果如下：

adonis

Permutation test for adonis under reduced model
Permutation: free
Number of permutations: 999

vegan::adonis2(formula = specmat ~ group, data = specmat.meta, by = NULL)
          Df SumOfSqs      R2      F Pr(>F)    
Model      1   0.4066 0.06274 10.978  0.001 ***
Residual 164   6.0742 0.93726                  
Total    165   6.4808 1.00000                  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

anosim

Call:
vegan::anosim(x = specmat, grouping = specmat.meta$group) 
Dissimilarity: bray 

ANOSIM statistic R: 0.06837 
      Significance: 0.001 

Permutation: free
Number of permutations: 999

我的问题是， adonis2 的 R2 = 0.06274 和 anosim 的 R = 0.06837 ，这个值会不会太小了，不足以解释差异？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-18 17:11

根据您提供的结果，adonis2 的R2为0.06274，anosim的R为0.06837，这两个值是微生物群体分析中检验差异的指标。虽然这两个值看起来比较小，但是它们仍然可以解释微生物群体的差异，因为它们的显著性水平都非常低（<0.01），表明群体之间的差异是显著的。此外，需要注意的是这些值的大小并不一定与差异的大小成正比，因为差异的大小还取决于样本量和数据的噪音水平等因素。因此，我们应该结合其他指标和实验条件来综合评估差异的大小和重要性。

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发布时间: 2023-05-18 16:44

更新时间: 2023-05-18 17:11

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