pagu 回复了问题 2018-09-29 00:35

shell脚本学习

问答 编写shell脚本的if循环如下，结果运行的时候出现如下报错？原因是什么？ 大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢

pagu: shell里边的if控制结构，条件是用中括号 [  ] 框起来的，我改了一下可以运行： [code]num1=100 num2=200 if [ ${num1} > ${num2} ] then echo "this ${num1} is great!" else echo "thi...

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俄二十 回复了问题 2018-09-28 22:27

问题求解 GATK

问答 利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事

俄二十: 加了还是不行，这次貌似是另外一种错误

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-28 09:53

生信入门

问答 想补充生信统计学知识

笨阿牛: 这个问题太好了

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xsp 回复了问题 2018-09-28 08:45

存储 bas.h5

问答 pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？

xsp: 我用vdb-dump解出来了PacBio的SRR1924430的完整的sra文件，emmm，内容很多，比fastq大很多，格式应该是同bas.h5相同或类似。一个sra文件大概能解出来十倍大的fastq(当然，不是我们熟知的fastq，我只是不知道应该管他叫啥，可能就是bas.h5吧)。如图 [a...

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-27 17:10

conda 安装deeptools conda

问答 请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？

笨阿牛: 自问自答吧！ [size=14]conda clean --packages[/size] [size=14]输入上面的命令之后，再安装，居然就好了！完全摸不着头脑[/size]

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tennify 回复了问题 2018-09-27 15:17

R语言分析数据

问答 调用R包后报错：XXX objects are masked……

tennify: 在一个网站上找到了答案：https://stackoverflow.com/questions/39137110/what-does-the-following-object-is-masked-from-packagexxx-mean，讲解的很详细。

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i_thinking 回复了问题 2018-09-27 15:04

生信问题

问答 rna-seq数据校正

i_thinking: 好的，感谢孟老师

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邱风徐来 回复了问题 2018-09-26 14:04

ggplot2基础绘图

问答 如何批量绘制多条折线

邱风徐来: [code]> mat[,1:6] [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [1,] 1778 1.89192605 1778 3.0242247 1778 4.2449375 [2,] 1779 2.52550859 17...

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i_thinking 回复了问题 2018-09-26 09:47

DESe2

问答 关于DESeq2样本聚类的问题

i_thinking: 请问是同一批数据吗？有没有做过标准化？

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Pancras 回复了问题 2018-09-25 18:47

转录组差异基因表达分析

问答 如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?

Pancras: 那，大佬。有什么软件能利用tpm进行差异基因比较吗？，也就是基于tpm算出qval、foldchange的

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xsp 发起了提问 2018-09-25 17:19

数据处理

问答 SRR1924430的sra数据与hdf5提取的fastq不一致

从SRA下载了SRR194430.sra文件，fastq-dump转为fastq时，出现如下情况 [attach]267[/attach] 不知其因，所以又从EBI下载了SRR1924430的fastq文件，结果，emmm，EBI的fastq文件就是sra转了一部分的那个fastq文件。两个文件都...:

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海王坑 回复了问题 2018-09-25 09:55

wget winscp ENCODE

问答 用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?

海王坑: nohup wget -c url &(断点续传，多大都能下）

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 17:35

R

问答 求助，安装DESeq2遇到问题

孟浩巍: 试试在安装的时候这么安：  [code]>source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >options(BioC_mirror="http://bioconductor.org") >biocLite("DESeq2")[/code]

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 16:14

测序原理 生信入门

问答 新人求教关于测序以及免疫的问题

孟浩巍: 简单来说吧，genome绝大多数的区域是非gene区，gene的绝大多数是intron，少数是exon（外显子）。   而对于一些疾病来说，绝大多数情况下是exon的突变造成的。因此对于这种情况下，如果进行全genome的测序，就会浪费很多测序量，很多时候只测exon就行了，这就是外显子组测序的优势...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:27

linux下gcc+安装问题

问答 sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决？系统是：ubuntu14 server 版

孟浩巍: 我看你这个问题好久了，我帮你搜了搜。 结果应该是几个包的版本冲突了，得一个一个卸载然后重新安装，如果特别麻烦你就重装系统吧…… 笑哭  

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