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ciriRNA表达量如何计算?

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-06-20 17:02

ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化,下面介绍一般的计算步骤:

  1. 使用三个软件(CIRIquant、find_circ、CIRI2)鉴定circRNA,并分别得到每个circRNA的bsj reads数。
  2. 根据每个circRNA的bsj reads数,计算其RPM值,即每百万条mapped reads中该circRNA的bsj reads数。 RPM = bsj reads数 / mapped reads数 * 1,000,000
  3. 为了消除不同circRNA之间样本量和测序深度的差异,需要进行归一化处理。常用的归一化方法有TPM和FPKM,这里以TPM为例。 TPM是指Transcripts Per Million,即每百万条mapped reads中该circRNA的占比。TPM值的计算首先需要得到每个circRNA的长度(L),然后计算出该circRNA的标准化因子(F),最后用RPM值除以标准化因子F,再乘以1,000,000,即可得到该circRNA的TPM值。 F = ∑(RPM值 / L) TPM = RPM值 / F * 1,000,000

综上所述,ciriRNA表达量的计算方法包括bsj reads数的计算、RPM值的计算和TPM值的计算。通过这些计算,可以得到每个circRNA的表达量,并进行比较分析。

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发布时间
2023-06-20 16:53
更新时间
2023-06-21 17:35
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