ciriRNA表达量如何计算？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1536: 浏览

ciriRNA表达量如何计算？

用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定到的circRNA，看了很多文章都是用bsj（反向剪切位点）的reads数算RPM值来归一化表达量，具体该如何计算呢？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-06-20 17:02

ciriRNA表达量的计算方法主要涉及到circRNA的定量和归一化，下面介绍一般的计算步骤：

使用三个软件（CIRIquant、find_circ、CIRI2）鉴定circRNA，并分别得到每个circRNA的bsj reads数。
根据每个circRNA的bsj reads数，计算其RPM值，即每百万条mapped reads中该circRNA的bsj reads数。 RPM = bsj reads数 / mapped reads数 * 1,000,000
为了消除不同circRNA之间样本量和测序深度的差异，需要进行归一化处理。常用的归一化方法有TPM和FPKM，这里以TPM为例。 TPM是指Transcripts Per Million，即每百万条mapped reads中该circRNA的占比。TPM值的计算首先需要得到每个circRNA的长度（L），然后计算出该circRNA的标准化因子（F），最后用RPM值除以标准化因子F，再乘以1,000,000，即可得到该circRNA的TPM值。 F = ∑(RPM值 / L) TPM = RPM值 / F * 1,000,000

综上所述，ciriRNA表达量的计算方法包括bsj reads数的计算、RPM值的计算和TPM值的计算。通过这些计算，可以得到每个circRNA的表达量，并进行比较分析。

赞同 0 0评论

关于作者

: ljl.ouc 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-20 16:53

更新时间: 2023-06-21 17:35

关注人数: 2 人关注

相关问题

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2121 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图: 1024 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

mac如何打开Google的网页？: 1534 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 1439 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有台Dell工作站，如何配置成服务器: 1244 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

sgRNA的GC content 是什么意思，该如何计算: 1561 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 1785 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？: 1549 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 1037 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop: 1893 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问原核生物的转录组测序为什么比真核的贵？: 1677 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 1429 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 synapser无法加载: 1234 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1001 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问聚类数据标准化: 1649 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 1818 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 1583 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系: 1285 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

问 HISAT2建立索引: 1885 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1165 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025