该问题已被锁定!
1
关注
1609
浏览

普通转录组的跨物种分析

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-06 21:04

在做普通转录组的跨物种分析时,对counts进行矫正一般需要考虑以下几个方面:

  1. RNA纯度的影响:可以使用TMM(trimmed mean of M-values)或RPKM(reads per kilobase of exon model per million mapped reads)进行矫正,这两种方法都可以考虑样本间的RNA纯度差异。
  2. 基因长度的影响:可以使用FPKM(fragments per kilobase of exon model per million mapped fragments)或TPM(transcripts per million)进行矫正,这两种方法都可以考虑基因长度对表达量的影响。
  3. 表达量的变异性:可以使用Z-score标准化方法进行矫正,这种方法可以考虑样本间表达量的变异性。

另外,在使用edger进行差异分析时,可以考虑以下几个方面:

  1. 样本匹配的问题:进行跨物种分析时,需要考虑样本间的匹配程度,例如是否来自同一种组织,是否使用相同的测序平台等。
  2. 差异分析的阈值:可以根据实际情况调整差异分析的阈值,例如调整p值或fold change的阈值。
  3. 基因注释的准确性:跨物种分析时,需要确保基因注释的准确性,以避免误解差异基因的功能。

综上所述,进行跨物种转录组分析时,需要考虑多个因素对counts进行矫正,并且需要注意差异分析的阈值、样本匹配和基因注释的准确性等问题。

问题动态

发布时间
2023-06-06 20:58
更新时间
2023-06-07 20:33
关注人数
1 人关注

相关问题

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库,处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响?
问题:如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因?
16s rRNA分析中的标准化
转录组
ATAC-seq与RNA-seq的联合分析
转录组组内样本差异大
使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据
如何计算富集分析里的差异倍数
ubuntu下普通用户用不了管理员下安装的包
多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题

推荐内容

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?
不同比对软件出的结果能进行比较吗?
进行转录组数据分析时,进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中,一个基因出现了两个不同的表达量数据,应该如何处理?
肿瘤亚型分析
ciriRNA表达量如何计算?(更)
转录组
转录组
绵羊转录组测序后差异表达基因太多了
ciriRNA表达量如何计算?
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025