在做普通转录组的跨物种分析时,,用什么标准化方法对counts进行矫正好呢?目前有用过tmm矫正,最大最小化 ,Z分都试过,效果都不行,,同时用edger做差异分析时,两物种差异基因太多了,有近35%,中间肯定是有问题的,但是应该从哪方面入手去解决这个问题呢?
在做普通转录组的跨物种分析时,对counts进行矫正一般需要考虑以下几个方面:
另外,在使用edger进行差异分析时,可以考虑以下几个方面:
综上所述,进行跨物种转录组分析时,需要考虑多个因素对counts进行矫正,并且需要注意差异分析的阈值、样本匹配和基因注释的准确性等问题。