ROSE包分析Super Enhancer - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1558: 浏览

ROSE包分析Super Enhancer

从encode 下载的标准化处理的 bam 进行 MACS peak calling, 再进行ROSE 后得到的结果很好，但是我从geo下载的原始SRA数据自己进行处理，到bam进行ROSE 后，得到的相关SEs 文件只有表头，内容是空的是为什么

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-29 10:47

首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因：

数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。
数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到后续的分析结果。您可以使用质量控制工具，如FastQC，来评估原始数据的质量，并根据结果进行相应的处理。
参数设置问题：在运行ROSE时，您可能需要根据您的数据特点进行适当的参数设置。不同的数据集可能需要不同的参数设定，您可以尝试调整参数，以获得更好的结果。
数据量问题：原始SRA数据的量可能相对较少，可能无法获得足够的信息来识别Super Enhancer。您可以尝试使用更多的样本或增加测序深度来提高数据量。

综上所述，您可以仔细检查数据处理步骤，评估原始数据的质量，调整ROSE参数，并尝试增加数据量来解决从GEO下载的原始SRA数据进行ROSE分析后得到空结果的问题。

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2023-06-29 10:32

更新时间: 2023-06-29 10:47

关注人数: 2 人关注

相关问题

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 1253 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

cellranger运行结果分析: 1262 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用lapa进行APA分析: 1244 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？: 1608 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

生存分析KM-plot交叉问题: 1617 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

pseudobulk分析: 2253 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1007 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

宏病毒组做binning分析: 1210 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

生存分析KM-plot问题: 1445 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq差异分析: 1374 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA: 1142 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Linux中具体操作问题: 1147 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bivalent domains 如何计算: 1718 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 MEME motif analysis 软件的安装: 1680 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问服务器与终端的字符编码问题: 1005 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Liux中gtftk closest_genes怎么使用？: 1092 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数: 1715 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。: 935 浏览 0 关注 1 回答 0 评论

问 SRA 数据批量下载: 2048 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 1922 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025