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HISAT2建立索引

转录组

HISAT2建立索引有必要加上提取剪切位点和外显子信息这两个参数吗？比如

extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.ss

extract_exons.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.exon

hisat2-build --ss Mus_musculus.ss \
               --exon Mus_musculus.exon \
               Mus_musculus.GRCm39.dna.primary_assembly.fa \
               Mus_musculus.GRCm39_tran

还有就是extract_splice_sites.py 、 extract_exons.py这两段脚本怎么获取，是hisat2安装后自带的吗？

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查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-31 23:40

1. 可以不加SNP信息；和RNA的剪接位点信息；

2. 后面两个python脚本是自带的。

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关于作者

: 起始于南农 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-30 17:13

更新时间: 2023-05-31 23:40

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