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DoubletfFinder Pk值相关计算的问题

单细胞RNA_seq

用x 表示领域大小 (neighborhood size，例如对5,000细胞的数据，pK=0.01时，相当于寻找给定细胞近邻的200个细胞)。将人造NN (artificial nearest neighbors，ANN) 数除以领域大小，得到人造NN的比例 ( panw =n(模拟的doublets)/n(真实细胞+模拟的doublets)) ;

这里通过pk=0.01算出来200个细胞是怎么算的？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-25 09:42

根据问题描述，使用pk=0.01时，相当于寻找给定细胞近邻的200个细胞，可以用以下公式计算： 200 = pk * x 其中，x表示领域大小，pk为设定的阈值。将pk值代入公式，即可得到200个细胞的计算结果。例如，当领域大小x为5000时，pk值为0.01时，200个细胞的计算结果为： 200 = 0.01 * 5000 因此，200个细胞是根据领域大小和设定的pk值计算得出的。

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发布时间: 2023-05-25 09:38

更新时间: 2023-05-25 11:59

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