1、生物学相关性：根据MetaCyc数据库里底物、酶、产物的对应关系，底物产物为代谢，酶的本质为蛋白，但可以研究其转录水平。当酶A可以催化底物a转化为产物b时，我们认为A（转录）,a,b（代谢）之间有生物学联系。具体方法参考cancer cell一篇文献Multi-omics analyses of airway host–microbe
interactions in chronic obstructive pulmonary
disease identify potential therapeutic interventions
2、统计学相关性：计算所关注的基因转录水平和代谢物的配对一一相关性（可以是spearman相关），根据一定过滤标准（例如，P<0.01 & abs(R)>0.5），选择相关性强的转录与代谢物，用igraph构建网络。具体参考cell一篇文献的方法：Molecular Choreography of Acute Exercise
不种番茄了，现在种花！
