在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）

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在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）

算法

N-W为了区分gap open 与gap extension 把残基对应关系分为三种状态，然后通过动态规划算法来计算全局最优，其中X（i，j）表示xi位置的残基对应一个空位的状态，Y（i，j）表示yj位置的残基对应一个空位的状态，M（i，j）表示xi位置的残基对应yi位置的残基的状态，利用这三种状态的迭代达到目的，但是式子中缺乏X与Y状态的转换（d与e分别对应gap open与gap extension）式子如下 X（i，j）＝M（i-1，j）-d或X（i-1，j）-e

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笨阿牛初级会员用户来自于: 安徽省合肥市
2018-10-05 22:28

试着回答一下吧！首先说一下结论：我觉得高歌老师关于MXY状态的定义可能有一些小问题。高歌老师定义的状态如下图： [attach]290[/attach] 而所给的状态转移示例如下图： [attach]291[/attach] 这里面没有X→Y的转换。按照高老师的讲解：X→Y的例子为： A- -G 这种情况在比对结果里面是允许出现的。一个完美的模型，理论上应该包含所有的状态转移情况。这里孟神给出的结果是X→Y或者是Y→X，对应的结果应该是： -A -A 的情况。而孟神对于 A- -G 的解释是，M→X→M→Y。这种模型可以采用“弓”字形遍历所有的比对碱基，也包含所有的状态变化，同时也可以解释X→Y不存在的情况，作为模型我觉得是解释的通的。当然，孟神在思考，真正的答案还等待揭晓，最后，安利一下北京大学的生物信息学课程！实在太棒了！ https://www.bilibili.com/video/av10042290?from=search&seid=1247417721005093554

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: 韩逸青 未验证用户
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-10-04 22:36

更新时间: 2018-10-05 22:49

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