芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc

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GWAS 数据存储网站

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尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰

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GEOquery下载GEO数据软件报错

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安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

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给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

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去除数据中特异值的方法

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植物基因组组装过程中如何去除质体序列

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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