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Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
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Affy包中的MAplot函数的作用是什么?画出的MAplot图如何解读?为何要进行MAplot检查?
R
芯片数据分析
Affy芯片
质量控制
RNASeq数据处理
[attach]37[/attach] 如图所示,这个图该如何解读?
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-08-24 23:09
MAplot是一个非常好的质控图,无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。 假设有ctrl和treat两组数据,gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K], MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值, M[K] = 0.5 * log2(ctrl[K] * treat[K]); 这个几何平均数的log2值就可以衡量这个gene的大概表达量,是高表达gene还是低表达gene. MAplot的Y轴就是每个gene的log2 FoldChange, A[K] = log2(treat[K] / ctrl[K]), 这个量表达的是变化关系,0表示没变化,大于0表示treat中升高,小于0表示降低。 那么MAplot的意义是什么呢?这个主要和我们的基本假设有关系,我们一般在做芯片或者是RNA-Seq分析的时候,都默认绝大多数的gene不发生变化,高表达的gene不发生变化。因此,在MAplot中,我们应该看到: 1. 绝大多数的点,Y轴都在0附近; 2. X轴很靠右的点,几乎不怎么发生变化; 3. 发生显著性变化的点,比较均匀地分布在X,Y轴的两侧。 如何不满足上面的特点,就说明要对数据进行校正,使其满足我们的基本假设,才能够进行下一步的统计检验。
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fcdslz
超级管理员
这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-08-24 15:31
更新时间
2018-08-24 23:09
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