3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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宏基因组注释率超低

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细菌的参考基因组下载

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获取所有基因的转录起始位点（TSS）

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

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一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

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批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

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