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整合scRNA和scATAC相关问题请教

单细胞RNA_seq

目前有一组scATAC数据（10k细胞），还有几组scRNA数据（共50k细胞），想要整合在一起。

请教大佬，有没有推荐的工具可以一次性整合scRNA多个样本和scATAC，去除scRNA批次效应的同时也整合scATAC。

另外有没有大佬用过liger这个包，上述数据在用它整合的时候，scaleNotCenter这一步巨慢一夜都没完成（之前1个scATAC1个scRNA的时候记得挺快的），有大佬知道是什么原因吗？

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3 回答

ForceAres 初级会员用户来自于: 江苏省镇江市
2023-05-29 10:46

先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如

Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。

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前台管理员用户来自于: 北京市
2023-05-27 17:24

如果只是考虑运行速度问题，可以尝试用pyliger进行整合。

但你是不是可以先做scRNA的整合，然后利用整合完的scRNA dataset与scATAC进行整合？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-27 11:42

感谢您的提问。针对这个问题，我可以给您提供以下建议： 1. 整合scRNA和scATAC数据需要使用一些特定的工具，比如Seurat、Scanpy和SnapATAC等。这些工具都可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据，并去除批次效应。此外，一些新的方法，如Harmony和Integrative Non-negative Matrix Factorization (iNMF)等，也可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据。 2. LIGER是一个流行的工具，也可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据。scaleNotCenter步骤可能会比较慢，这可能是由于数据量较大或计算机性能不足造成的。您可以尝试将数据分割成较小的块进行处理，或者使用更高性能的计算机。另外，也可以尝试使用其他整合工具。希望这些建议可以对您有所帮助。

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发布时间: 2023-05-27 11:33

更新时间: 2023-05-29 10:46

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