用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

968: 浏览

用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

我看了一篇文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205217302459?via%3Dihub#fig1，想做一个和文章里一样的聚类热图，如下 [attach]36[/attach]，但是我不是很明白它的这个分类的方式，我自己做出来的如下： [attach]35[/attach] 代码为 >data <- log2(cuffdiff_result[,c(7,8)]+1)) >Heatmap(x, name = "expression", km = 5,, show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE) x想知道这样子对不对？有没有什么问题，如果分类之后怎么导出分类数据

好问题 0 评论收藏举报

3 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 13:37

我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看你的原始矩阵行的聚类结果 [code]# 聚类结果 ph$tree_row # 每一行的排序结果 ph$tree_row$order[/code]

赞同 3 6评论

i_thinking 注册会员用户来自于: 美国
2018-08-24 15:18

文章里的km应该是6.

赞同 0 1评论

jailyn 前台管理员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-24 23:19

ph = pheatmap(x,cluster_cols = F, cluster_rows = T, kmeans_k = 6) 用这个命令画出来成下边这个样子了 [attach]40[/attach]

赞同 0 1评论

关于作者

: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

7: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 12:19

更新时间: 2018-08-24 23:19

关注人数: 4 人关注

相关问题

enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略: 610 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？: 927 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 1287 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 869 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗: 669 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？: 846 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

想问一个RNA-Seq的流程问题: 745 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 1016 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例: 1196 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 994 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual: 1103 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 WGCNA中的TOM热图绘制: 959 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问分析CRISPR 高通量筛选数据: 1107 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 bowtie2使用报错，求助啦: 1113 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 1157 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 787 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GEOquery下载GEO数据软件报错: 1241 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？: 789 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于ggplot2画条图的问题: 677 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024