smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

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smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

#单细胞测序QC

1.样品处理与检测方法

1.1 检测前处理

对样本进行单细胞转录组扩增，使用Ampure XP磁珠对样本进行纯化，取1μL进行Qubit检测，取 1μL进行2100检测。

1.2 检测方法

浓度:Qubit 3.0 荧光定量仪;

完整性:Agilent 2100 Bioanalyzer、Agilent High Sensitivity DNA Kit。

2. 样本情况

样本名：ko_01

浓度：17.40 (ng/μL)

总量：348ng

主峰长度：1170（bp）

建库类型：smart-seq2单细胞转录组

判定结果：B

备注：存在小片段

3 结论与建议

样本扩增产物经检测，2100峰图显示1~2kbp片段长度存在明显目的产物，但1kbp以下存在小片段，可能会对后期数据分析造成影响。综上，判定为B，可以尝试进行文库构建，但存在一定风险。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-15 21:40

可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。

直接上机可能会损失一定的测序量。

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-15 18:26

根据样本质检报告，存在小片段可能会对后期数据分析造成影响，但建议可以尝试进行文库构建。因此，可以建库，但需要注意小片段对后续数据分析的影响，可以在分析时进行过滤或者剔除。同时，在建库过程中也需要注意样本质量的控制，以尽可能减少小片段的产生。

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: yzx2023 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-15 18:18

更新时间: 2023-06-15 21:40

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