qpAdm结果解读

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生信问题

背景：

qpAdm有个rotation的策略（Assessing the performance of qpAdm: a statistical tool for studying population admixture），就是设置fixed left pop/fixed right pop/rotation pop三组，然后对每个target pop去组建1-，2-，3-，4-way model。但是参考几篇文献测试了一下发现，现代人群体很难拟合。

问题如下：

fixed right pop，也称outgroup/reference，它的选择有什么特别要求吗？
同理rotation pop + left，也就是source的选择，需要哪些先验知识？如target为东亚人时一般怎么选之类
我测试的结果往往是p值满足（p>0.05），proportion却infeasible，也就是出现负值，不知有无相同经历的，一般是出于什么原因？如何解决？

qpAdm小白，问题挺多，期待交流一下～

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-22 21:00

1. fixed right pop的选择没有特别的要求，但是需要注意选择的populations需要和研究对象有一定的关联性，以确保结果的可靠性。同时，选择的populations需要具有高质量的基因组数据，以避免数据质量问题对结果的影响。 2. 在选择rotation pop和left pop时，需要考虑研究对象的地理位置、人口历史和基因谱系等信息。例如，如果研究对象是东亚人，可以选择其他东亚人或相关的古人类作为left pop，以及其他相关的亚洲或古人类作为rotation pop。在选择populations时，还需要考虑到样本数量和数据质量等因素，以确保结果的可靠性。 3. 当出现proportion infeasible的情况时，可能是由于数据中存在异常值或偏差，或者是模型假设不符合实际情况等因素导致的。解决这个问题的方法包括重新筛选数据、优化模型参数、增加样本数量等。此外，在分析结果时，也需要综合考虑p值和proportion等指标，以确定结果的可靠性。

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发布时间: 2023-05-22 20:51

更新时间: 2023-05-22 21:00

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