来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1480: 浏览

来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

我是外行，不是很懂。这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时，发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析，我不清楚它们合并计算是否有normalize过，所以不敢确定得到的结果是否可靠。我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的（比如都是RPKM或者TPM），那么它们能直接合并分析吗？还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗？我在分析的时候遇到的问题比较多，这样一个问题一个问题地问效率太低了。

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 17:27

不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

赞同 0 0评论

关于作者

: tzjzzrz 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-11 00:01

更新时间: 2018-10-12 17:27

关注人数: 2 人关注

相关问题

在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法: 1549 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 1255 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异: 959 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 1367 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

求重测序不同群体示例数据: 753 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

单细胞RNA-seq分析流程: 1464 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1013 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 1656 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 1214 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思: 1144 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1174 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 1454 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 2239 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 1437 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 1410 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 2165 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 2177 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 1656 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 1449 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025