来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

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来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

我是外行，不是很懂。这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时，发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析，我不清楚它们合并计算是否有normalize过，所以不敢确定得到的结果是否可靠。我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的（比如都是RPKM或者TPM），那么它们能直接合并分析吗？还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗？我在分析的时候遇到的问题比较多，这样一个问题一个问题地问效率太低了。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 17:27

不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

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发布时间: 2018-10-11 00:01

更新时间: 2018-10-12 17:27

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