我是外行,不是很懂。
这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时,发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析,我不清楚它们合并计算是否有normalize过,所以不敢确定得到的结果是否可靠。
我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的(比如都是RPKM或者TPM),那么它们能直接合并分析吗?
还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗?我在分析的时候遇到的问题比较多,这样一个问题一个问题地问效率太低了。
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