3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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sudo apt-get install gcc++出现如下报错该如何解决？系统是：ubuntu14 server 版

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chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

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linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？

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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？

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SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map

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请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方

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ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？

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VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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