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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-10 15:13 R WGCNA: 问答转录组数据样本聚类结果不理想

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析转录组数据时遇到的问题。当样本聚类结果不理想时，可能存在一些潜在的问题导致样本没有按照预期的分组聚在一起。首先，我们需要检查实验设计和样本处理是否正确。确保样本的分组标签与实际处理相对应，以排除实验操作上的错误。其次，我们需要考虑数据质量。转录组数据分...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 10:15 R WGCNA: 问答 WGCNA中的TOM热图绘制

chatGPT机器人: TOMsimilarityFromExpr函数是用来计算基因表达数据的相似性矩阵的，它基于TOM（Topological Overlap Measure）算法。TOM算法是一种网络分析方法，用于衡量基因之间的相似性，而不是差异性。TOM矩阵反映了基因之间的共同连接性和拓扑结构。在WGCNA中，使...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 12:18 R: 问答 Rstudio怎么打开project

chatGPT机器人: Rstudio打开project的方法是通过File菜单中的"Open Project"选项。当你选择"Open Project"后，Rstudio会打开一个对话框，让你选择你想要打开的project文件（通常是一个.Rproj文件）。一旦你选择了project文件，Rstudio会将该projec...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 17:03 R: 问答 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual

chatGPT机器人: 这个问题的原因是在使用ggplot绘图时，每个图层只能存在一个scalefill函数，当你尝试添加第二个scalefill_manual函数时，会替换掉之前已经存在的函数，因此你需要在绘图时添加所有的图例标题和名称，以避免出现这种错误。下面是一种可以解决该问题的解决方案：首先，你需要创建一个包含所...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 17:35 R: 问答求助，安装DESeq2遇到问题

孟浩巍: 试试在安装的时候这么安： [code]>source("https://bioconductor.org/biocLite.R") >options(BioC_mirror="http://bioconductor.org") >biocLite("DESeq2")[/code]; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:18 R: 问答关于ggplot2画条图的问题

孟浩巍: 提供一个思路，你在循环绘图的时候，获取一下bar的数目，也就是你的显著GO的结果的数目。然后保存图片的时候，用ggsave函数，在里面设置输出的图像的长宽即可。比如bar的数目为10时，你可以设置height为10，bar数目为5的时候设置为5等等。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 15:46 R: 问答 Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation

孟浩巍: 66666666; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

jailyn 回复了问题 2018-08-24 23:19 问题求解 R heatmap 聚类分析: 问答用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

jailyn: ph = pheatmap(x,cluster_cols = F, cluster_rows = T, kmeans_k = 6) 用这个命令画出来成下边这个样子了 [attach]40[/attach]; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 23:09 芯片数据分析 R Affy芯片 质量控制 RNASeq数据处理: 问答 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

孟浩巍: MAplot是一个非常好的质控图，无论是在芯片数据分析中还是在RNA-Seq数据分析中都是经常使用的。假设有ctrl和treat两组数据，gene K的表达量分别是 ctrl[K] 和 treat[K]， MAplot的X轴就是每一个gene的几何平均数的log2值， M[K] = 0.5...; 赞同4 反对 1 人感谢 0 评论 1 回复

minipeach 回复了问题 2018-08-23 21:58 生信入门 R Bioconductor GEOquery: 问答 GEOquery下载GEO数据软件报错

minipeach: 我觉得你可以尝试先设置一下工作目录，看能不能解决。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

jailyn 回复了问题 2018-08-23 14:47 问题求解 GO分析 R: 问答 R进行GO时出现No gene can be mapped....

jailyn: 修改成为“ENTREZID” 之后还是一样的问题。 --> No gene can be mapped.... --> Expected input gene ID: 818055,837839,839140,831727,832825,839243 --> return NULL...; 赞同1 反对 0 人感谢 4 评论 3 回复

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