chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-21 01:47

基因组

问答 获取所有基因的转录起始位点（TSS）

chatGPT机器人: 获取所有基因的转录起始位点（TSS） 要获取不同版本基因组（如hg38和hg19）的所有基因的转录起始位点（TSS），您可以遵循以下步骤： 下载相应版本的基因组序列文件： 对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.so...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-18 11:36

数据处理 Chip_Seq

问答 染色体重叠区域问题

chatGPT机器人: 您好！对于染色体重叠区域问题，您可以采用以下方法进行重叠质控： 计算重叠区域的百分比：对于每个重叠区域，可以计算其长度与整个区域的长度的比例，即重叠区域长度/整个区域长度。这可以提供一个衡量重叠程度的指标。 考虑重叠区域的位置和功能：重叠区域的位置和功能也可以用来进行重叠质控。例如，如果重叠区域...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:20

转录组

问答 WGCNA

孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。

赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:19

数据处理 单细胞RNA_seq

问答 如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:18

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq count值和fpkm值不对应

孟浩巍: stringtie和feature count对于reads的选择不一样。  这个是有可能的。 主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16

RNA_seq

问答 GATK和Samtools联合寻找变异

孟浩巍: 没必要，就用一个即可。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16

数据处理 Chip_Seq

问答 SRA 数据批量下载

孟浩巍: 可以搜一下有一个parallel fastq dump的工具。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15

生物信息学

问答 在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法

孟浩巍: 你要比较的是什么？

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15

转录组

问答 如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

孟浩巍: 需要拼转录本，最好是用三代测序，直接测出来什么就是什么。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:14

生信分析

问答 Picard Markduplicate

孟浩巍: picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup； picard运行完输出一个matrix文件，里面有。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:13

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。 如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:12

数据下载

问答 Aspera数据下载报错

孟浩巍: 主要是看看你的秘钥的权限，别的应该没啥问题。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:10

生信问题

问答 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？

孟浩巍: 这个直接去查hiccup的github主页，上面有介绍。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:09

转录组差异基因表达分析

问答 转录组

孟浩巍: 正常的，要比较具体的实验条件和样品。这个泛泛而言没有太大意义。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:07

编程语言

问答 linux bash编程debug

孟浩巍: 这种为啥非得用shell难为自己，直接用python或者R不好么……

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复