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获取所有基因的转录起始位点（TSS）

基因组

如何获取hg38和hg19等不同版本基因组的所有基因的转录起始位点？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-08-21 01:47

获取所有基因的转录起始位点（TSS）

要获取不同版本基因组（如hg38和hg19）的所有基因的转录起始位点（TSS），您可以遵循以下步骤：

下载相应版本的基因组序列文件：

对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz）下载hg38版本的基因组序列文件。
对于hg19版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz）下载hg19版本的基因组序列文件。

下载相应版本的基因注释文件：

对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/refGene.txt.gz）下载hg38版本的基因注释文件。
对于hg19版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refGene.txt.gz）下载hg19版本的基因注释文件。

解压下载的文件：

将基因组序列文件和基因注释文件解压缩到合适的文件夹中。

使用相应的生物信息学工具进行分析：

您可以使用生物信息学工具（如BEDTools、Bioconductor包中的GenomicRanges等）来提取基因注释文件中的转录起始位点信息。
通过解析基因注释文件，您可以获取每个基因的转录起始位点信息，通常在基因注释文件中的"txStart"列中提供。

通过以上步骤，您可以获取到不同版本基因组的所有基因的转录起始位点（TSS）。

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发布时间: 2023-08-21 01:38

更新时间: 2023-08-21 01:47

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