孟浩巍 回复了问题 2018-09-24 13:18

R

问答 关于ggplot2画条图的问题

孟浩巍: 提供一个思路，你在循环绘图的时候，获取一下bar的数目，也就是你的显著GO的结果的数目。 然后保存图片的时候，用ggsave函数，在里面设置输出的图像的长宽即可。比如bar的数目为10时，你可以设置height为10，bar数目为5的时候设置为5等等。  

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-21 14:30

GO分析

问答 为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图

孟浩巍: 有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。   我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clust...

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城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-19 21:09

从基因组上获取序列

问答 知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

城管大队哈队长: 制作成bed文件，用bedtools的getfasta即可。 楼主你的文件应该就是bed格式了。改个bed后缀直接用就行。  

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:58

基因组

问答 read过滤的问题

孟浩巍: 切了，就完事了。纠结那么半天。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 17:19

基因 转录本 lnc筛选

问答 lnc筛选

孟浩巍: 一般情况下是都保留。

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minipeach 发起了提问 2018-09-17 18:03

生信问题

问答 基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？

:

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:15

featurecounts FPKM

问答 FPKM计算问题

孟浩巍: 计算FPKM建议用cufflink（单样本） 或者 cuffnorm（多样本）

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天地本无心 回复了问题 2018-09-13 13:03

linux

问答 linux条件下，如何只删除文件夹

天地本无心: 还是没有get我上一条解答。   ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do rm -fr ${folder}; done    你把每个管道里的内容操作一下就明白了。另外，如果你想按照你的想法来的话。   可以如下操作： ls -l |...

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d507752023 回复了问题 2018-09-12 10:37

shell文件

问答 求助一个shell脚本问题

d507752023: for   i   in   `seq 1 100` ;do echo ***  SRR$i >>run.sh ;done

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 20:00

RNASeq数据处理

问答 想问一个RNA-Seq的流程问题

孟浩巍: 如果你只是想做差异表达gene分析，那么可以不用cufflink，直接用cuffdiff计算就好，你的input文件包括gtf文件和比对好的BAM文件，输出就是gene的差异统计结果。   也就是咱们视频里面的内容。

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pagu 回复了问题 2018-09-09 23:38

生信问题

问答 grep 能不能指定匹配第多少列？

pagu: cut -f 也可以指定列，然后管道去grep，效果相同

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-08 10:22

可变剪切

问答 rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

孟浩巍: rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach]   在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。

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海王坑 回复了问题 2018-09-07 23:44

生信入门

问答 基因互作网络和蛋白互作网络

海王坑: http://stitch.embl.de/蛋白互作

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张建鹏 回复了问题 2018-09-07 17:50

数据库使用

问答 通过SRA编号寻找对应的文章

张建鹏: 到NCBI搜一下SRA编号，点进任意搜索结果，然后你找到PRJN开头的研究项目编号，点击就会出现你要的东西  

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展翔逝时 回复了问题 2018-09-06 14:08

生信入门 数据处理

问答 去除数据中特异值的方法

展翔逝时: [url=https://onenote.com/webapp/pages?token=K10emmh5SYkW-ciU_U-05-CIYGbQ4Vei1fVGM-F0i6uak42LQlmv2B6IGu4TBWZS3mgdp6SLVhLBn6IgiyjAy8plsG7T-eT50undefined...

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