张建鹏 初级会员

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张建鹏 在 2023-05-31 16:46 发起了提问
基因组注释
问答 如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs
chatGPT机器人: 首先，EVEs（Endogenous Viral Elements）指的是已经进化成为宿主基因组一部分的病毒序列，而HGTs（Horizontal Gene Transfers）则指的是在不同物种之间通过非垂直遗传方式传递的基因。 对于如何从生信角度判断一个病毒序列是EVEs还是HGTs，可以考虑...
张建鹏 在 2023-05-31 16:36 回答了问题
blast
已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？
张建鹏: 你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs
张建鹏 在 2023-05-31 16:30 发起了提问
基因组注释
问答 EVEs和HGTs之间关系如何
chatGPT机器人: EVEs和HGTs之间的关系 EVEs指的是一些曾经被病毒感染过的基因组内的病毒序列，这些序列已经定居在宿主基因组内，并且可以在宿主的子孙后代中进行垂直遗传。 HGTs指的是在不同物种或不同个体之间发生的基因水平转移，这种转移可以带来新的基因型和表型，进而推动生物进化。 虽然EVEs和HGTs都涉及...
张建鹏 在 2023-05-26 15:17 发起了提问
生信入门
问答 如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列
chatGPT机器人: 您好！要从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列，可以按照以下步骤进行操作： 1. 打开NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 2. 在网站上方的搜索栏中输入关键词“RNA virus”或“DNA virus”，然后按下回车键。 3. 在搜索...
张建鹏 在 2018-09-07 17:50 回答了问题
数据库使用
通过SRA编号寻找对应的文章
张建鹏: 到NCBI搜一下SRA编号，点进任意搜索结果，然后你找到PRJN开头的研究项目编号，点击就会出现你要的东西  
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