城管大队哈队长 回复了问题 2018-09-13 16:33

samtools

问答 两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。

城管大队哈队长: 找到原因了。。。。。。。{id}应该改成{i}

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天地本无心 回复了问题 2018-09-13 11:19

shell脚本批处理问题

问答 求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？

天地本无心: ls -F | grep "/" | tr -d "/" | while read folder; do cd ${folder}; mv * ../; cd ../; done

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海王坑 回复了问题 2018-09-13 10:49

GEO

问答 在GEO profile 下载sra文件，RunInfo Table 和accession list 有什么区别，下载哪个文件

海王坑: [attach]207[/attach]  

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xiaoyingshi 回复了问题 2018-09-12 19:17

芯片数据分析

问答 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

xiaoyingshi: 芯片批次效应对差异表达基因计算结果 [b]大 [/b]。   1个经历： 分析数据是[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE39461]GEO under GSE39461[/url]的前12个样本，做差异表达基因分析时候...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 09:21

生物信息学 lncRNA

问答 如何筛选小鼠lncRNA?

孟浩巍: lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。 我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。 同时，你需要关注一些lncRNA的database：   [url]http://www.noncode.org/[/url]   [...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 19:52

double free

问答 double free or corruption 怎么解决

孟浩巍: 你这个描述得再详细一点。

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笨阿牛 发起了提问 2018-09-10 13:31

R语言分析数据

问答 x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

参照的是bioconductor workflow里面的RNAseq123教程。   输入class(x)的结果如下： [1] "DGEList" attr(,"package") [1] "edgeR"   而x本身包括三个列表x$samples x$counts 和x$genes   [b]上一...:

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海王坑 回复了问题 2018-09-10 10:58

问题求解

问答 linux系统中使用fastqc报错

海王坑: [url]https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429参考这个[/url] 

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:38

新基因鉴定 转录本

问答 stringtie和gffcompare处理转录本的问题

孟浩巍: 如果是鉴定新的lncRNA，应该是先compare再merge吧。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:34

生信分析 参考基因组

问答 网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？

孟浩巍: 染色体里有一些简单重复序列，比如端粒，着丝粒，串联重复等等，这些序列的长度可以估算一个大概的值，但是测序的时候拼装不起来，比如N个AT串联。这个时候，我们的染色体在开头，中间，结尾的各个部分都会出现N的情况。   我之前写过一段程序，画了一下hg19和hg38两个human genome版本的N的情...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:30

生信分析

问答 请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

孟浩巍: 我一般建议从两个网站上考虑，第1个就是GO网站，看看这个gene的GO注释是什么，能说明一定的gene功能。 网址： [url]http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis[/url]   第2个是UniPort网站，里面会介绍有文献报道的功...

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minipeach 回复了问题 2018-09-09 23:52

芯片数据分析

问答 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

minipeach: 不能，需要取log

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windowft 回复了问题 2018-09-09 22:07

问题求解

问答 bowtie2使用报错，求助啦

windowft: 谢谢大家，更换了内存条之后，就可以运行了，确实是电脑的内存不足

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 22:23

芯片数据分析

问答 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

孟浩巍: 我个人的理解是这样的，   1. 芯片在进行设计的时候，并不是1个gene只设计1种probe，而是1个gene设计多种不同的probe，这些probe有的可以代表不同转录本，有的可以代表相同的转录本。   2. 单色芯片的核心假设是，整体gene表达不变，也是基于这个假设对芯片扫描的光点进行校正的...

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徐寅生 发起了提问 2018-09-09 10:54

生信分析

问答 【求助】怎么能画出子网络图

我用cytoscape MCODE分析之后 软件没有把子网络图画出来，但是已经分析了结果。 那么，我怎么画出子网络? [attach]170[/attach] 已经解决了 问了一个白痴问题。原来是结果是有一颗 show的选项，点了才能显示:

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