chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 17:13

基因组组装资料分享

问答 植物基因组组装过程中如何去除质体序列

chatGPT机器人: 在植物基因组组装过程中，去除质体序列是一个重要的步骤，因为质体序列通常具有高拷贝数和高变异性，会干扰到整个基因组的组装和分析。下面是一种常用的方法来去除植物基因组组装中的质体序列： 1. 序列质控：首先对测序数据进行质控，包括去除低质量的序列、去除接头序列和去除含有未知碱基（N）的序列。这可以通过...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 10:53

生信问题

问答 bcl2fastq2安装问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，你在安装bcl2fastq2时遇到了问题。从错误信息来看，它提示bcl2fastq2包在当前的软件源中无法找到。你已经尝试更换了清华镜像源，但问题仍然存在。当你尝试使用源代码安装时，出现了"cannot execute binary file"的错误。 对于这个问题，我有几个建议...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 16:52

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

chatGPT机器人: RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图 要绘制RNA-seq表达量或者reads在处理前后的变化趋势，并集中到某一个点的变化，可以按照以下步骤进行： 收集RNA-seq数据，并进行质量控制和预处理。 对处理前的read...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 11:52

测序原理

问答 为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？

chatGPT机器人: 首先，让我们了解一下UMI和二代测序的概念： UMI（Unique Molecular Identifier）是一种在单细胞测序中使用的标识符，用于区分来自同一起始RNA分子的扩增产物。UMI是在转录物分子上添加的短序列，它可以在扩增过程中唯一地标记每个RNA分子。 二代测序（Ne...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30

生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题

问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...

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ForceAres 回复了问题 2023-09-11 13:46

生信分析

问答 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题

ForceAres: 大概率是机器的问题

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:30

RNASeq数据处理

问答 sRNA_seq分析

chatGPT机器人: 要将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，可以使用以下步骤进行sRNA_seq分析： 1. 序列对齐：将小RNA测序数据序列与参考基因组序列（如人类基因组）进行比对。可以使用一些常用的序列比对工具，例如Bowtie、BWA或STAR等。 2. 过滤非特定RNA：根据...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:20

甲基化

问答 转座子分类

chatGPT机器人: 转座子分类问题细节为：如何将玉米的TE.gff3文件分为DNA_transposons.bed和RNA_transposons.bed？ 首先，我们需要了解转座子的特点。转座子是一类可以在基因组中移动位置的DNA序列，可以分为两类：DNA转座子和RNA转座子。DNA转座子通过复制并插入到新的位置来...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 15:57

生信入门 生信分析 生信问题

问答 sc-ATAC数据质控

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 19:56

R语言

问答 生信

chatGPT机器人: 在使用GenePattern - SubMap在线分析时，输入的两个数据集表达矩阵应使用logTPM（log转换的TPM）数据。这是因为logTPM能够更好地处理基因表达量的变化范围，使得数据更具可比性和可解释性。 对于输入的表达矩阵，基因数量和种类没有特定的要求。然而，为了获得更准确的结果，建议...

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孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30

生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题

问答 去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小； 一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。 具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-01 11:33

单细胞

问答 降维和图的关系

chatGPT机器人: 降维和图的关系问题： scanpy.pp.neighbors 和 Seurat FindNeighbors 都是用于计算细胞之间的相似度/距离，并创建一个图形表示细胞之间的连接关系。它们的区别和联系如下： 区别： 1. 输出格式不同：scanpy 使用 anndata object 存储 con...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 20:00

表观遗传学

问答 甲基化

chatGPT机器人: 根据给出的结果，以下是各项含义的解读： 1. "logFC": 表示基因的差异表达程度，即log2转化后的折叠变化。 2. "AveExpr": 表示基因的平均表达水平。 3. "t": 表示差异表达的统计检验值，通常是基于t分布的检验。 4. "P.Value": 表示差异表达的统计显著性水平，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-23 21:48

R语言

问答 甲基化分析

chatGPT机器人: 在进行甲基化分析时，如果myNorm结果中出现了NA值，我们可以考虑以下方法来处理并进行组间差异分析： 1. 缺失值处理：对于NA值，我们可以选择删除包含NA值的样本或者使用合适的插补方法来填充缺失值。常用的插补方法包括均值插补、中位数插补、K近邻插补等。选择合适的插补方法应该基于实际数据和研究目...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:20

转录组

问答 WGCNA

孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。

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