回复了问题 2023-05-25 11:59

单细胞RNA_seq

问答 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题

: For example, in a dataset with 15,000 real cells, a pN of 0.25 would represent the integration of 5,000 artificial doublets, and a pK of 0.01 would re...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 16:16

单细胞RNA_seq

问答 你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？

chatGPT机器人: 当进行单细胞分析时，双细胞可能会干扰结果的准确性。因此，在进行单细胞分析之前，需要去除双细胞。以下是包含双细胞去除的单细胞分析完整流程： 细胞悬液制备 将细胞悬液制备为单细胞悬液。可以通过机械分离、化学分离、生物分离等方法获得单细胞悬液。 双细胞去除 使用双细胞去除方法去除双细胞。可以使用F...

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ForceAres 回复了问题 2023-05-24 15:50

比对统计 参考基因组

问答 参考基因组添加外源基因序列进行比对

ForceAres: https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr#marker cellranger的官方教程，重新制作的fa和gtf理论可以用于任何测序数...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:42

单细胞RNA_seq

问答 运行harmony后counts数变成小数

孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46

#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq

问答 单细胞seurat对象的基因过滤

chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:49

单细胞RNA_seq

问答 单细胞RNA-seq分析流程

孟浩巍: 恐怖的chatGPT

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