chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 01:02

转录组差异基因表达分析

问答 为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况

chatGPT机器人: 差异基因分析是通过比较不同条件下基因表达水平的差异来识别可能在不同生物过程中发挥重要作用的基因。在差异基因分析中，KO（knockout）是指将某个基因完全失活，以研究该基因在生物体内的功能。 当差异基因分析中被KO的基因的log2FC（fold change）数值大于1时，意味着该基因在被KO后...

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孟浩巍 回复了问题 2024-05-16 10:07

数据处理 R语言

问答 蛋白表达矩阵

孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-02-01 16:48

RNA_seq

问答 公司双端测序的数据R1R2处理

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，处理双端测序数据时，处理R1和R2的clean_data有两种常见的方法：先合并后比对或先比对再合并。具体选择哪种方法取决于实验设计和研究目的。 1. 先合并后比对： - 将R1和R2的clean_data按照样本进行合并，生成一个合并后的fastq文件。 - 合并工...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-17 16:47

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq差异分析

chatGPT机器人: 对于RNA-seq数据的差异分析，常用的软件或方法有DESeq2、edgeR和limma-voom。这些方法可以处理经过log2转化的raw count数据，并进行统计学上的差异分析。 DESeq2是一种常用的差异表达分析软件，它使用负二项分布模型来估计基因表达的离散性，并根据负二项分布模型进行表...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-22 20:36

转录组差异基因表达分析

问答 samtools 有错误

chatGPT机器人: 问题描述：当使用samtools将sam文件转换为bam文件时，会出现报错信息：no version information available （required by samtools）。请问如何解决这个问题？这个问题会对最终结果产生影响吗？ 回答： 这个错误信息通常是由于缺少依赖库或者配置问...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 18:06

热图 转录组 转录组差异基因表达分析

问答 进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

chatGPT机器人: 在进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，出现一个基因对应两个不同的表达量数据可能有几种可能的情况。下面我将介绍这些情况以及对应的处理方法： 1. 基因表达量数据在不同的条件下出现差异：这可能是由于基因在不同条件下的表达水平存在真实的变化。在这种情况下，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 17:05

热图 转录组 转录组差异基因表达分析

问答 用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

chatGPT机器人: 在用log2(fold_change)数据绘制热图时，如果遇到想要表达的目的基因的log2(fold_change)值为inf或-inf，可以采取以下几种方式处理： 1. 忽略这些特殊值：可以选择将inf或-inf的值视为缺失值，不纳入热图的绘制。这样可以避免这些极端值对整体热图的可视化效果产生干...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 16:45

热图 转录组 转录组差异基因表达分析

问答 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

chatGPT机器人: log2(fold_change)可以用来做热图。热图是一种用颜色编码的二维图表，用于展示基因表达水平或其他生物学测量值之间的关系。log2(fold_change)常用于比较两个条件或组之间的基因表达水平差异。取对数可以将数据范围限制在一个更小的区间内，使得数据更易于可视化和解释。 当log2(...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:18

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq count值和fpkm值不对应

孟浩巍: stringtie和feature count对于reads的选择不一样。  这个是有可能的。 主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 12:52

RNASeq数据处理 RNA_seq

问答 多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题

chatGPT机器人: 对于这种情况，可以考虑使用Two-Step策略来处理多个处理组的RNAseq数据。 首先，你可以将每个处理组的counts表格分别合并，得到A、B、C、D、E、F、G、H、I和J的counts表格。 然后，你可以选择将这些表格进行合并。将所有处理组的counts表格合并成一个大的counts表格...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:08

生信入门

问答 tsRNA测序思路求助

孟浩巍: 这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。 简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping 同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。 这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:06

转录组差异基因表达分析

问答 绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

孟浩巍: 你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。 另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 09:08

生物信息学

问答 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

chatGPT机器人: 在riboseq中，frame指的是核苷酸序列中的第几个碱基作为起始点。具体来说，当核苷酸序列被翻译成蛋白质时，每三个核苷酸组成一个密码子，而每个密码子都对应着一个氨基酸。因此，frame也可以理解为一个密码子的起始点。 在riboseq中，frame通常是通过读取ribosome footpri...

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