孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 11:41

deeptools. ChIP_seq

问答 deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？

孟浩巍: bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。 如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。  

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ccssooll999 发起了提问 2018-08-31 09:16

无参转录组 软件使用

问答 SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map

有没有用过 SOAPdenovo-Trans 组装的，求助如何获得 gene_trans_map ，就是 Trinity 组装产生的那个，感谢大佬☺:

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-30 20:25

问题求解

问答 如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）

孟浩巍: 可以参考我的代码，使用org里面拟南芥的数据库   [code]############################################# # 第1次运行请安装下列R包 ############################################# source("htt...

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amy 发起了提问 2018-08-30 20:09

GWAS

问答 GWAS 数据存储网站

各位大佬，乳腺癌的GWAS的测序数据有没有总的上传网站？:

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qliu 回复了问题 2018-08-30 17:41

生信问题

问答 pheatmap画图的数据导入问题

qliu: 你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

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woson 回复了问题 2018-08-30 10:39

测序序列

问答 可否用sanger测序测某一基因的上下游序列

woson: PCR过后跑胶的条带如何？单向PCR出来的条带应该是弥散的。测序失败是指完全测不出来还是杂峰很多？

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韩逸青 回复了问题 2018-08-29 16:19

测序序列 Illumina测序 测序原理

问答 第二代测序碱基出错偏向的原因是什么 为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主 稀有碱基会影响测序吗

韩逸青: 很棒 多谢你啦

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 16:17

digeo

问答 最近在测试有一个可变剪切的软件，听说比rmats效果好

孟浩巍: 2017年新的软件，还没有试过。 之前我们用rMATS的结果挺好的，能够和实验结果match。目前我还是推荐用rMATS，毕竟这么多人检验过。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 16:13

甲基化预测

问答 【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

孟浩巍: 现在DNA甲基化最常用的办法是BS-Seq，直接就能测出来哪里是5mC。 人和小鼠的都有数据库，我刚才搜了搜玉米也有很多BS-Seq的数据，但是数据库没有搜到。 你可以下载一下他们的公共数据，然后来查询你说的某个gene位点是否有甲基化。   至于其他修饰，如果有好的修饰测序技术，当然就有数据，没有...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 14:23

甲基化

问答 甲基化位点选择

孟浩巍: 1. 看你要研究什么问题，如果是想关注的问题比如转录起始，比如发育过程，那么关注TSS附近的就可以了。但是如果你想看global的变化，那肯定要所有的数据多分析。 2. 还是建议想清楚你要研究的问题，再用数据做探索~ 

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-29 09:58

测序序列 bam GC含量

问答 reads数越多，滑窗内GC含量降低

孟浩巍: perl代码…… pass下一题

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皆坐 回复了问题 2018-08-29 09:16

fastp FASTQC

问答 使用fastp软件对fastq文件质控的问题

皆坐: 代码： ls *fq|while read id;do [b]fastp -A -Q -f 8 -t 80 -l 30[/b] -i $id -o /data/home/zhangfan/NIPT/zfNIPT/fastp/fastp/$id -h /data/home/zhangfan/NIPT/...

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契卡 回复了问题 2018-08-28 20:51

R语言 Jupyter Notebook

问答 Jupyter Notebook 下R语言kernel 启动失败

契卡: 你除了R本身之外，IRkernel也是通过conda安装的吗？

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sdge 回复了问题 2018-08-28 16:00

Bioconductor

问答 bioconductor的问题

sdge: 多谢坑主 去掉www貌似也不行> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection to 'h...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-28 15:52

软件使用

问答 差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析

孟浩巍: 我建议你先了解一下这几个表的每一列都代表什么意思。 然后再学习一下怎么画sashimiplot。 最后，用rMATS官方的工具先画一些sashimiplot，之后就可以看了。   对了，多说一句，rMATS计算出来的表格里面，已经给出了是否显著的信息~  

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